BOX-PCR的原理和应用时什么
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发布时间：2022-05-25 12:14
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热心网友
时间：2023-10-26 14:42
http://www.doc88.com/p-986343127895.html，当然我没有doc88的账号不能下载
热心网友
时间：2023-10-26 14:43
Rep(repetitive sequence), 即细菌重复序列, 包括REP(Repetitive Extragenic Palindromic, 基因外重复回文因子), ERIC(Enterobacterial Repetitive Inter-genic Consensus, 肠杆菌基因间重复一致序列)和BOX插入因子等。BOX-PCR指纹图谱分析技术, 是根据BOX插入因子设计引物, 扩增微生物基因组DNA的重复性片段, 补充散布的重复序列, 使不同大小的DN*段与位于这些片段之间的序列得到扩增, 最后经琼脂糖凝胶电泳检测其多态性的一种微生物鉴定方法。随着微生物检测技术的不断发展, BOX-PCR技术在微生物的多样性研究中已得到应用。
二、BOX-PCR技术的原理：
目前, 在细菌的基因组中已发现存在10种以上可用于基因指纹分析鉴定的短重复序列, 其中以REP和ERIC应用较多, 后来在细菌重复序列中发现了BOX插入因子, 大小为154 bp, 由保守性不同的box A(57 bp)、box B(43 bp)和boxC(50 bp)等亚单位组成, 其中只有box A存在细菌菌株、种、属水平的分布差异及进化过程中表现出多拷贝和高保守性, Versalovic等根据BOX片段中的box A亚单位设计寡核苷酸引物, 使重复序列之间的不同基因区域得以选择性扩增, 得到大小不等的DNA扩增片段, 进而对PCR产物进行电泳图谱分析获得分类学信息。BOX-PCR指纹图谱分析技术与REP-PCR和ERIC-PCR技术相似, 但操作更为简单快捷, 容易获得较为丰富的扩增条带, 不需要菌株、种的特异性DNA探针, 只需要一条单引物就能够完成大量菌株的DNA多态性分析, 扩增的结果可直接进行琼脂糖电泳检测。
三、BOX-PCR技术的应用：
BOX-PCR技术的一般分析过程包括以下3个步骤：基因组DNA的提取(Extraction of genomic DNA), 以BoxA1R为引物进行选择扩增(Selective amplification), 凝胶电泳分析(Gel analysis)。在微生物的BOX-PCR分析过程中, 采用的引物统称为BoxA1R, 其序列根据扩增的微生物基因组的不同有所差异, 目前研究中较为通用的为：5′-CTAC GGCAAGGCGACGCTGACG-3′, 适用于大多数细菌、真菌及链霉菌等微生物。
许多学者在BOX-PCR技术的应用过程中, 对其进行了不断的完善：针对不同微生物基因组的BOX插入因子而设计引物：如炭疽杆菌(Bacillus an-thracis)的BOXA1R为：5′-ACGTGGTTTGAAG AGATTTTCG-3′、自生固氮细菌的BOXA1R为：5′-CCTCGGCAAGGCGACGCTGACG-3′、沙门氏菌属(Salmonella)的BOXA1R为：5′-CATCGGCAA GGCGACGCTGACG-3′等。BOX-PCR技术的反应体系及反应条件也随不同的微生物进行了调整。此外, Marta用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测BOX-PCR扩增产物, 发现聚丙烯酰胺凝胶对于1 kb以下的片段有很高的分辨率, 但操作较复杂, 所以目前应用最多的还是琼脂糖凝胶电泳技术。
