如何从基因组的DNA序列中去鉴别基因
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发布时间:2022-05-27 19:11
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热心网友
时间:2023-11-21 01:28
如何从基因组的DNA序列中去鉴别基因
1、把EST用BLAT比对到基因组序列上,挑最好的match。2、下载同版本的基因组注释文件。3、 比较1和2中的基因组位置关系,并找出来未被基因组注释的EST。这时候应该还剩下上千条,其中绝大部分都是蛋白编码基因的反义RNA,当然一小部分是基因间区的非编码RNA。4.、将affimetrix的probe sequence用blast比对到这些非编码RNA中。建议先找找关心的事情是否有tiling-array data。另外要注意非编码RNA和它可能有关的基因一起分析,比如附近基因,或者互补的基因。做芯片一般不去找表达或非表达,而往往是在找差异表达。比如某非编码RNA和它附近的基因共同在肿瘤细胞中特异表达。