4+ceRNA生信SCI文章复现,代码和复现步骤全放送!按这个方法复现,开启...
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发布时间：2024-10-16 23:07
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时间：2024-10-17 05:05
复现流程包括差异分析、数据整合、circRNA-miRNA-mRNA网络构建、实验验证等部分。首先，使用RobustRankAggreg（RRA）对不同数据集的差异基因进行整合，筛选出共同的差异基因。然后，通过GEO2对数据集进行检索和分析，确保样本间的归一化。接着，使用RRA对差异基因进行复现，并将差异分析表格修改为只保留基因名和logFC，以适应后续分析。通过CircInteractome数据库预测circRNA与miRNA的结合，CSCD数据库筛选肿瘤特异性circRNA。最后，构建circRNA-miRNA-mRNA网络，并使用Cytoscape进行可视化。
本文还详细介绍了图3的复现，通过CircInteractome数据库预测circRNA与miRNA的结合，以及图4的复现，展示差异表达的miRNAs和mRNAs的柱状图和热图。同时，介绍了如何使用仙桃学术构建ceRNA网络，以及如何进行预后分析筛选出有预后价值的mRNA。复现总结认为，通过这一系列方法，可以从8个circRNA筛选出2个ceRNA网络，并通过实验验证，为课题设计提供基础。
