使用蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析

发布网友发布时间：2024-10-17 05:54

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热心网友时间：2024-10-24 23:47

对于使用蛋白ID进行KEGG和GO功能富集分析，有明确的步骤可以遵循。首先，你需要将蛋白ID转换为UniProt数据库ID，这可以通过UniProtKB ID Mapping工具轻松完成。接着，你可以直接在KEGG数据库或云平台进行进一步的转换，获取所需的KEGG和GO号。

如果你有R语言背景，一种尝试是安装和使用特定的R包，如org.Sc.sgd.db。然而，代码中可能会遇到问题，如找不到"idmapping"包。如果遇到困难，可以参考"最全WGCNA教程"系列文章，其中提供了不同阶段的分析代码和图形绘制教程。

如果你选择直接使用转化后的数据进行分析，那么可以跳过R包的复杂操作，直接利用已获得的KEGG和GO号进行富集分析。如果对图形绘制有兴趣，也有相应的教程可以参考。总的来说，有多种途径可选，根据个人喜好和技能水平选择适合的方法即可。