.../COG/KOG/eggNOG/Pfam/String/转录因子预测数据库的搭建
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发布时间：2024-10-21 20:24
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时间：2024-10-22 23:11
1. 从Mapped Reads出发，使用StringTie软件进行基因拼接，寻找并注释新转录本和新基因，以扩展原有基因组注释。
2. **数据库下载与构建**：
- Nr/Nt数据库：按种类拆分构建索引，具体步骤参考其他文章。
- GO数据库：访问官网下载，详细说明见Blast2go文章。
- KEGG：分为介绍和下载两部分，涉及代谢通路信息，需根据物种分类整合相关数据。
- UniProt（Swiss-Prot 和 TrEMBL）：提供高质量和计算分析结果的蛋白序列，官方提供子库下载。
- COG数据库：用于同源蛋白注释，包含fun2003-2014等文件，用于功能分类。
- KOG数据库：真核生物蛋白聚簇，关注orthologs和paralogs的区分。
- EggNOG数据库：扩展了COG，提供全基因组直系同源分组注释，下载时需要合并物种信息。
- Pfam：蛋白质家族数据库，通过多序列比对和隐马尔可夫模型分类。
- String数据库：搜索蛋白质相互作用，包括动物、植物和真菌转录因子数据库。
3. 转录因子预测数据库：
- AnimalTFDB3.0：针对97个动物基因组的转录因子，可在线分析或本地下载数据。
- PlnTFDB：植物转录因子数据库，收录多种植物物种，支持在线比对或下载。
- Fungal TFDB1.2：真菌转录因子数据库，包含249个真菌基因组数据。
每个数据库都需根据相应的指南进行下载和索引构建，以支持新基因注释和功能预测。
