群体遗传结构分析——Admixture

发布网友发布时间：2024-10-16 05:20

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热心网友时间：2024-10-16 07:09

Admixture分析是一种基于基因型数据的统计方法，旨在估计个体基因组中来自不同已知参考群体的比例，比如一个人可能有50%的欧洲血统、30%的亚洲血统和20%的非洲血统。这种分析有助于理解过去的人口迁移和交往模式，揭示人类历史的复杂性，以及更好地理解人类的起源和进化历程。它尤其在医学基因组学中发挥作用，帮助解释不同人群对疾病易感性和药物反应的差异。在研究复杂性状和疾病的遗传基础时，考虑群体结构至关重要，以避免因群体结构导致的假阳性结果。

在实际操作中，首先将经过prune的ped和map文件转换为二进制文件。若Admixture未安装，可自行从GitHub官网下载。保存并运行脚本后，Admixture的输出包括Q文件和P文件。Q文件提供了每个个体对于各个祖群的估计成分比例，每行代表一个个体，每列代表一个祖群。P文件则包含了每个祖群对于各个位点的估计等位基因频率，每行代表一个位点，每列代表一个祖群。

结果的可视化将提供直观的分析，有助于深入理解个体和群体的遗传结构。后续内容将在明日更新。