Minimap2:三代比对工具
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发布时间：2024-10-19 11:18
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时间：2024-11-05 23:42
Minimaps2是生物信息学领域的一项重要成果，由李恒大神在2018年Bioinformatics期刊上发布，专为三代测序数据设计。其以高效比对速度而闻名，尤其是在处理大规模数据时。通过实践，我有机会体验了这款工具在Purge_dups去冗余过程中的应用。
该工具的核心思想是通过哈希表存储基因组序列的minimizer，即最小哈希值的种子k-mer，快速定位待比对序列在基因组中的位置。首先，minimap2搜索待比对序列的minimizer，然后利用chaining算法连接匹配区域，非种子区段则采用传统比对算法处理。与blasr、bwa等方法相比，minimap2在处理三代PacBio序列时表现出显著优势，且可兼容二代数据。
要安装和使用minimap2，可以从Github获取最新版本：github.com/lh3/minimap2，通过make命令编译并添加到环境变量。在Purge_dups过程中，通过minimap2进行高覆盖率比对，如命令：minimap2 -x map-hifi prefix.p_ctg.fa hifi_cell_reads.fastq.gz | gzip > pb_aln.paf.gz，生成的PAF文件用于记录比对信息。
深入了解minimap2的其他功能、PAF文件解读以及FLAG标记含义，可以参考相关文章：jianshu.com/p/d1868194b...。对于这款工具的详细理论背景，可查阅其原始论文：Li H. Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences[J]. Bioinformatics, 2018, 34(18): 3094-3100，以及miniasm项目的文档：github.com/lh3/miniasm/...
总之，minimap2凭借其高效性能和广泛应用，是三代数据比对中的强大工具，值得生物信息学研究者深入学习和探索。
