...| 代谢组学中层次聚类热图的R语言实现-pheatmap( )函数

发布网友发布时间：2024-10-18 15:52

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热心网友时间：2024-10-23 05:22

在代谢组学数据的深入分析中，层次聚类热图是一种常用工具，能直观展现样本间代谢物含量差异。在R语言中，pheatmap包提供了强大的绘制功能。本文将通过实例详解如何使用pheatmap函数创建层次聚类热图，涉及关键参数的设置和实际操作步骤。

首先，pheatmap函数的基础结构如下：

pheatmap(mat, color = ..., cellwidth = ..., cellheight = ..., treeheight_row = ..., treeheight_col = ..., cluster_rows = ..., cluster_cols = ..., cutree_rows = ..., cutree_cols = ..., annotation_row = ..., annotation_col = ..., ...)

其中，参数包括数据输入（数值型data.frame或matrix）、颜色渐变（如colorRampPalette()函数）、单元格尺寸、聚类树高度、是否进行行或列聚类、聚类结果分割、注释添加等。每个参数都有其特定作用，例如设置颜色范围、调整单元格大小以优化视觉效果，以及控制聚类展示的详细程度。

实战操作分为几个步骤：安装必要的R包如openxlsx和pheatmap，导入数据，然后逐步调整参数，如默认热图绘制、颜色设置、单元格大小调整、聚类树高度设置、聚类取消和分割、添加样本分组和代谢物分类信息，以及设置边框、数值显示、字体大小和保存热图。具体参数的详细说明和下载链接可以在文章末尾找到。

通过这些步骤，您可以根据具体需求定制出满足分析要求的层次聚类热图。记住，每次调整参数后，都要实时预览效果，确保热图能够清晰、准确地反映数据特征。