生信常用数据库 | 细胞系数据库CCLE

发布网友发布时间：2024-10-23 03:44

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CCLE（癌症细胞系百科全书）是由Board Institute维护的癌症细胞系数据库，包含超过1000种细胞系的mRNA、miRNA表达、外显子突变、H3组蛋白尾部修饰与部分代谢物丰度数据。

如何在CCLE中查找基因在不同细胞系中的表达分布？首先，下载基因表达矩阵和细胞注释信息，然后读取表达矩阵与注释信息进行对应。接着，将对应数据绘制成单基因表达量的图表。

若需查找含有特定基因突变的细胞系，只需在搜索框中输入目标基因名称，例如ACOX1。系统会自动匹配并展示相关词条，选择并点击“ACOX1基因相关的一些信息和数据库模块”。在模块中，选择“Mutations”下的“View details in the Characterization tab”，即可查看该基因在不同细胞系中的突变情况。

此外，查找细胞系详细信息也十分方便，涉及取样位点、癌症分型、基因突变等。只需要在数据库中进行相关搜索，即可获得所需信息。CCLE提供了全面且详尽的数据，为癌症研究提供了宝贵的资源。