百力格NGS一站式解决方案——捕获探针设计

发布网友发布时间：2024-10-23 05:22

共1个回答

热心网友时间：2024-10-24 05:36

在NGS全测序中，数据量庞大，数据分析困难。而针对某些疾病或肿瘤相关的目的基因进行测序时，选择靶向捕获目标区域进行实验。这种方法测序成本更低，测序深度更高，数据有效率也更高，适用于检测SNP、InDel、CNV、Fusion等突变类型。靶向捕获主要有两种方式，即多重PCR和杂交捕获。

多重PCR通过通用扩增子引物扩增的方式得到基因片段，能有效富集目的片段，但单次实验的扩增子数量受限、设计难度高。而杂交捕获则采用生物素修饰的探针通过碱基互补配对去捕获目的基因片段。在捕获完成后，通过磁珠将探针吸附，从而将目的片段与非目标片段分开，对获得的目的片段进行测序。相较于多重PCR，杂交捕获可检测变异类型多、大小panel都适用、探针对错配的容忍度高、检测范围广。

良好的捕获特异性和均一性成为了杂交捕获的关键。百力格NGS团队结合经验自主研发杂交捕获探针设计工具Smartts，可方便、高效、高质量完成探针设计，解决捕获特异性和均一性问题。Smartts设计优势包括多种识别方式、优化的算法、更加灵活的参数选择、灵活的设计方案和可持续性等。使用Smartts可快速分析并最小化使用门槛。

Smartts设计原理根据不同区域设计采用不同的方式，普通区域设计采用中心对称原则在滑窗可移动范围内寻找最佳探针集合，而微卫星序列设计则采用优化的双端探针分别覆盖目标区域的两端的策略。设计流程包括输入质检、输入、输入质检、设计探针、探针筛选和设计报告等步骤。

Smartts性能对比显示，在对基因KRAS、ALK、ROS1、EGFR、BRAF（CDS区）进行设计探针后进行杂交捕获实验时，使用Smartts技术获得了更高的捕获效率，更高的平均测序深度，更低的fold80，并达到了100%的1x覆盖率。

Smartts应用范围广泛，可应用于外显子组捕获、单核苷酸多态性（SNP）、遗传性肿瘤检测、复杂疾病诊断、目的片段个性化捕获分析等多种类型的研究。

若您希望使用Smartts进行设计，可通过邮件blg-mkt@bioligo.com、公众号私信或当地销售联系我们。Smartts未来将在百力格官网上线，敬请期待。