什么!?Cut&tag究竟是个怎样的技术?
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发布时间：2024-10-01 17:02
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时间：2024-10-27 20:37
Cut&tag技术与表观修饰密切相关，它们像是DNA和蛋白质世界中的父子关系。表观修饰，就像基因表达中的"遗传印记"，尽管DNA序列不变，但通过DNA/RNA/组蛋白等分子的修饰，影响基因的表达模式。常见的表观修饰类型有图1所示的几种。
切人点在于Chip-seq技术，它是00后技术的代表，能够鉴定基因组上组蛋白修饰位点或DNA结合蛋白的结合点。简单来说，Chip-seq的实验流程涉及甲醛固定、细胞核提取、抗体捕获复合物，然后纯化DNA进行后续研究，如图2和图3所示。
Cut&tag的核心则是Tn5转座酶与Protein A/G的结合，形成ChiTag酶。在抗体引导下，ChiTag酶能精准切割目标蛋白附近的DNA，并将接头插入。具体步骤包括：（1）ConA磁珠富集细胞，（2）透化提高细胞通透，（3）一抗结合蛋白，（4）Tn5酶切割DNA，（5）纯化扩增DNA，如图4所示。
相较于Chip-seq，Cut&tag具有起始细胞量少、操作便捷、背景噪音低和重复性好的优势。在样本处理上，Cut&tag适用于峰检测、Motif分析和差异峰分析，对一抗的要求也相对较低，但特异性仍需确保，如需阴性对照，可使用非特异性IgG作为对照。对于测序数据量，Cut&tag对背景噪音的控制使其3M双端150bp测序数据就足够，且建议设置生物学重复以提高结果可靠性。
Cut&tag技术特别适合研究组蛋白、RNA聚合酶II和转录因子的DNA结合，但不适用于膜蛋白研究，因为膜蛋白与DNA的直接相互作用较难检测。对于真核微生物，如酵母，可以考虑在细胞核分离后进行实验。植物样本需要特别处理，如阿拉伯胶质细胞的CUT&RUN方法。
总而言之，Cut&tag技术是一项强大的工具，适用于特定的DNA-蛋白质相互作用研究，对科研人员来说，了解其原理、流程和适用范围是至关重要的。
