一文读懂染色质可及性及ATAC-seq

发布网友发布时间：2024-09-25 21:55

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热心网友时间：2024-10-27 21:02

染色质可及性，即染色质开放性，是描述真核生物细胞核中DNA序列在转录过程中可被调控元件接触的特性。就像文件压缩与解压，DNA在细胞核中被高度压缩存储，复制和转录时需要部分区域解压缩，形成开放染色质，以便调控因子能发挥作用。

研究染色质可及性的方法众多，其中最常用的是ATAC-seq，由斯坦福大学的实验室开发。ATAC-seq基于转座酶Tn5的特性，该酶能结合开放染色质并插入特定序列，通过测序确定哪些区域是开放的。与DNase-Seq、FAIRE-seq和MNase-seq等方法相比，ATAC-seq具有样本需求少、建库快速和重复性高的优点，成为研究染色质的主流技术。

ATAC-seq与ChIP-seq等其他测序方法有异同，例如ChIP-seq主要研究特定转录因子的结合位点，而ATAC-seq则能检测全基因组开放区域。它们在峰形和应用上有所不同：ChIP-seq的峰代表转录因子结合点，ATAC-seq的峰则代表开放区域两端。ATAC-seq适用于未知转录因子的筛选，而ChIP-seq则针对已知转录因子进行特异性富集。两者在某些情况下可以相互验证，如开放染色质通常与活跃标记如H3K4me3、H3K4me1和H3K27ac相关，与不活跃标记H3K27me3相反。