有我在,别害怕!利用DNAMAN进行核酸比对的教程来啦~
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发布时间：2024-09-26 02:35
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时间：2024-10-26 05:18
一款专业的分子生物学软件，主要用于DNA序列分析、比对、修剪、重组、克隆等操作。
导入比对序列，选择尼罗罗非鱼、斑点雀鳝、青鳉、红鳍东方鲀、斑马鱼、小鼠和人
的SOCS1基因fasta序列。
打开DNAman9软件，进行序列比对。
在“Align sequences”窗口中，选择“Mutiple Sequence Alignment”进行比对。
注意确认导入的序列类型，正确勾选并导入fasta序列。
一般K-tuple大小设置在2-6之间，考虑序列长度和变异性，适当调整参数。
设置Gap penalty和gap extension penalty，控制空位罚分，合理设置初始值。
考虑“delay divergent seqs%”参数，控制高度分歧序列对比对结果的影响。
等待比对结果，查看序列比对得分、相似性矩阵、序列同源性等信息。
将比对结果保存为文本文件或复制到剪贴板，以便在其他软件中进行分析和处理。
完成核酸比对，查看比对结果中保守性较高的区域。
对于生信分析初学者，推荐尝试DNAman线上平台，轻松实现circos图、小提琴图、曼哈顿图等复杂图表的制作。
