如何下载NCBI上的SRA数据

NCBI的Sequence Read Archive (SRA) 数据库，主要存储高通量测序产生的短读数据，由INSDC成员维护。过去可通过wget、curl等工具下载，但现在推荐使用SRA toolkit的prefetch工具，以确保完整获取主文件和相关附件。由于SRA数据存储在云服务上，wget、curl可能无法直接访问。SRA数据结构如下：项目（PRJ/ERP/DRP）...

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下载SRA数据时有多种方法。常用的有两种：一是通过NCBI提供的SRA-Toolkit工具下载，二是直接使用wget/curl下载。采用SRA-Toolkit工具时，首先需要安装。可以通过Github链接下载对应的二进制包进行解压。bin目录下会包含一些常用工具，如prefetch、srapath、fastq-dump等。例如，下载千人基因组项目的数据ERR009357...

除了通过conda进行安装外，你还可以通过SRA Toolkit官网选择适合自己操作系统的版本。使用prefetch这个工具，只需输入SRA号即可下载，例如文献SRR15927225的数据。对于大量数据，可以参考《多行命令并行管理》一文进行并行处理。除了prefetch，wget也是一种下载工具。以SRR15927225为例，通过NCBI搜索找到数据链接后，...

下载工具与方法首先，你可以选择安装lftp进行SRA数据的获取。通过conda进行安装，确保在配置文件~/.lftp/rc中设置pget的线程数，方便高效下载。另一种选择是Aspera，它提供了更快的下载速度。访问官方网站ibm.com/products/aspera...，如果服务器下载受限，可先下载到本地再上传。记得先安装Aspera，然后利...

因此，我们会继续为大家提供帮助，分享如何从NCBI下载SRA数据。首先，让我们学习如何使用lftp进行下载。通过conda进行安装后，需要在配置文件~/.lftp/rc中设置pget的线程数。接着，通过get和mget命令下载单个或多个文件，分别适用于单个和多个文件的下载需求。对于速度更快的下载，Aspera是一个好选择。你...

从NCBI下载测序数据，首 先明确目标数据来源，是文献中提及还是需大批下载。文献内通常提供数据上传平台与编号。若下载特定数据集，全选后点击“metadata”下载详情。对应编号如“PRJNA381058”，直接在ENA搜索。搜索相应编号，如“PRJNA381058”，可找到数据集。双端测序数据通常包括1和2两部分，通过迅雷等...

最后一种方法是使用 aspera，与 SRA Toolkit 类似，但同样需要进行配置工作，操作流程较为复杂。另外，直接下载 fastq 格式 的测序数据，通过网速测试发现，这种方法的下载速度最快。以上是 NCBI 测序数据下载的四种方法，用户可以根据自己的需求和喜好选择适合自己的工具和方式。

点击“SRA"，进入主页 选择每页显示的数量 点击Send to依次进行选择后，点击Create File下载 打开TBtools软件，进行转换 输入相关XML文件，及输出路径 获得SRA数据的全部信息 这两个网址可以直接使用迅雷进行下载 另一个下载可以使用Aspera软件下载（服务器端口）本文件还包括样本所有的信息，如：数据下载，...

在NCBI中获取生信数据的步骤简洁明了，首先，登录NCBI网站，导航至下载页面，选择适合的下载工具，本指南推荐使用SRA Toolkit。在完成工具下载与安装后，确保所选版本与操作系统相匹配。下载安装SRA Toolkit，此工具支持MacOS、Windows、Ubuntu和CentOS，按照系统版本下载对应安装包。对于Ubuntu与CentOS，可通过...

(一) 从NCBI下载访问NCBI的GEO DataSets，输入GSE编号，选择合适的RNA-seq数据集。找到样本，选择SRA Run selector来下载原始文件，或者直接下载作者处理过的tar文件。创建包含SRR id、样本名和下载链接的表格，方便后续操作。注意有些数据可能需要通过邮件向作者索要。(二) 从ENA网站下载访问ebi.ac.uk/...