seurat结果转为scanpy可处理对象

发布网友发布时间：2024-09-29 15:55

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热心网友时间：2024-11-06 11:11

怎样把seurat的对象转换成scanpy能够识别的数据格式呢，这一个是R S3对象，另一个是python的 anndata 对象。最初的想法是能不能把seurat对象的矩阵和分群信息导出到文件，再手动构建一个anndata对象，真要做的时候发现面临很多困难。

最终经过在google搜索，毫无意外的发现了同道中人，有相同需求的人在 bioinformatics 上提问 Convert R RNA-seq data object to a Python object ，通过查看这个页面提供的方案，我发现 seurat官网提供了不同单细胞处理软件结果互通的转换方法。

seurat官网提供了 seurat对象与 SingleCellExperiment 、 loom 、 AnnData 三种单细胞数据格式相互转换的方法。目前seurat（version 3.1）不支持写入scanpy要求的H5AD文件，所以目前的解决方案是：

要是实现上面的两个简单的步骤还需要安装一些R和python包，需要安装的有以下几个，如果已经安装了，忽略就好：

我们再试一下用scanpy里的函数画marker gene堆叠小提琴图