circBase 数据库:专注研究环状RNA

对于深入研究，circBase数据库，circbase.org，扮演着重要角色。cirBase是一个综合性的circRNA数据库，收录了多种物种的circRNA信息，其find_circ软件能预测去核糖体文库中的circRNA。该数据库功能强大，支持单个环状RNA或列表形式的搜索，并允许用户下载全部环状RNA到本地服务器进行定制分析。通过首页的搜索功...

6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：http://circinteractome.nia.nih.gov/ 你也可以上肽度时界（timedoo）查看circRNA（环状RNA）学术解读资料。

5. cRNADb: 首个编码蛋白的人类环状RNA数据库，包含详细单个circRNA记录。6. deepBase: 中山大学的数据库，注释和鉴定多种RNA类型，支持组织和表达分析。7. circBank: 整理并分析circBase数据，提供蛋白编码潜能和miRNA相互作用分析。8. circRNA Disease: 专门收集circRNA与疾病关联的研究，便于疾病研究。9...

环状RNA数据库包括circBase和circRNABase。circBase是一个收集和整合已经发布的circRNA数据的数据库，提供多种物种的circRNA信息。研究者可以通过搜索界面快速查询相关circRNA信息，或者通过table browser筛选需要的circRNA数据。circRNABase数据库整合了circRNA与miRNA以及RNA结合蛋白的互作网络，为研究提供重要资源。

circRNA简介 circRNA，即环状RNA，是非编码RNA分子，以共价键形成闭合环状结构，不包含典型的5'帽子和3'尾。它们在真核生物中广泛存在，稳定且不易降解，且部分circRNA由基因外显子组成，具有物种间的保守性和组织特异性。cirRNA类型分类 annot_exon：breakpoint连接两个外显子，序列由这两个外显子组成...

circRNAs（Circular RNAs，环状RNA分子）是一类不具有5'末端帽子和3'末端 poly(A) 尾巴、并以共价键形成闭合环形结构的非编码RNA分子，在真核生物中广泛存在。近年来，circRNA 基金情况呈现增长趋势，在2020年基金额达到3000万+（数据摘自：Let Pub），研究热度可见。circleRNA 的研究为何如此火热？

circRNA编码蛋白目前还是一个很大的研究方向,因此该数据库的重要性不言而喻。但是读者应同时认识到它的局限性,如该数据库所引用的文献尚未完全涵盖所有的circRNA,所以信息并不全面;其次在检索过程中,circRNA的ID也是使用上的一个痛点。该数据库进行检索时使用的是五位数circRNA ID,而主流数据库如circbase则采用的是7...

要研究circRNA，鉴定是第一步，也是最重要的一步，目前已经有一些pipeline，鉴定得到的circRNA是否准确和全面，取决于算法的严谨性和可靠性。 根据已发表的文献，环状RNA的鉴定方法分为三类： 1. 从头预测（abinitio）的方法：find_circ（如下图）（Memczaketal., 2013），将不能和基因组...

环状RNA（circRNA）是由非典型反向剪接产生的共价闭合RNA分子，其稳定性高于线性RNA。它们在多种疾病中被发现具有重要作用，尤其是在癌症研究中，作为生物标志物显示出潜力。环状RNA能够作为miRNA海绵调节基因表达和信号通路，是癌症发病机制研究的重要工具。郑州大学附属第一医院贺靖、贺付成和罗阳团队在Cell ...

CircRNA免疫共沉淀（circRNA immunoprecipitation，circRIP）实验是一种用于研究环状RNA与其相互作用蛋白之间关系的常用实验方法。以下是circRNA免疫共沉淀实验的一般流程：细胞培养：选择适当的细胞系，并在培养皿中培养至适当的密度。细胞处理：根据需要，在细胞培养基中加入适当的处理剂，如药物、激素等，处理...