单细胞测序数据库

单细胞测序技术能深入解析单个细胞的遗传信息，包括基因排列、表观遗传修饰、染色质结构等复杂信息。对于资源有限的科研人员，如何参与到这一热门领域呢？酸菜推荐一款强大的单细胞数据挖掘工具——CancerSEA。这个数据库，由哈尔滨医科大学肖云副教授开发，旨在通过72个数据集的整合，为25种癌症的41900个肿瘤细...

首先，CancerSEA 是一个专为单细胞测序数据设计的数据库，它收集了72个数据集中的单细胞测序结果，涵盖25种癌症的41900个肿瘤细胞。通过与HCMDB、Cyclebase和StemMapper等数据库的整合，CancerSEA数据库能够提供丰富的功能状态注释，支持用户进行基因搜索、状态搜索、浏览状态图谱、查看数据集信息和下载数据。通过...

8. CDCP Cell-omics Data Coordinate Platform：适合单细胞数据分析入门，集成7015个样本与1775570个细胞数据，提供分析、可视化、下载功能。9. SCP Single Cell Portal：收录419个研究、1934万细胞单细胞数据库，数据持续更新，支持简单在线分析。10. SCPortalen：提供人类、小鼠单细胞转录组元数据与转录组...

然而，实际操作中，我们根据数据库或文献选取的Marker gene有时无法识别，导致细胞定义失败。例如，使用CD3基因时，软件无法识别其名称。这是因为CD3并非真正的CD3，而是“基因别名”的问题。以T细胞的marker gene “CD3”为例，在单细胞测序结果的细胞聚类结果中，我们通常看到的是CD3D、CD3E等基因名称，...

在临床实践中，个体间的遗传差异往往导致药物疗效大相径庭，特别是肿瘤这种高度异质的疾病。CeDR Atlas正是为了应对这一挑战而生，它以单细胞测序技术为基础，提供了一个在细胞层面研究药物反应机制的工具。这款数据库由国家基因组科学数据中心（NGDC）团队精心打造，于2021年发布在NAR上。数据库概览 CeDR ...

在研究单细胞数据时，尤其是关于clear cell renal cell carcinoma (ccRCC)肿瘤微环境的数据，我们发现ENA数据库和NCBI的SRA在数据结构上存在差异。在尝试从PRJNA768891获取数据时，我首先尝试通过ENA下载，但发现使用sratoolkit的prefetch命令速度过慢。为解决这个问题，我推荐使用ebi数据库直接下载fastq测序数据...

数据下载 以下内容将从GEO数据库下载单细胞数据为例进行说明，主要关注数据的储存格式与下载方法。首先，进入GEO数据库，网址为"GEO NCBI"，然后根据研究方向和需求输入检索词，例如“tumor scRNA”。检索后进入数据下载页面。GEO的scRNA数据有多种储存格式。以下将介绍常见的三种格式。第一种格式以“Lipid ...

GEO数据库，作为全球基因表达数据的重要存储平台，自2000年成立以来，已成为众多科研人员分享和检索高通量测序数据的首选。对于发表文章时至关重要的数据上传环节，尤其是单细胞研究，可能会让不少老师感到困惑。本文将详细介绍单细胞数据上传GEO的详细操作步骤，帮助您顺利完成这个过程。第一步：准备工作上传...

该工具在不同细胞类型分类上的准确性达到约0.9，能识别包括T细胞、B细胞、单核巨噬细胞在内的不同细胞亚群。CellTypist既可以作为注释工具使用，也可以作为免疫细胞数据库。用户可通过命令行、Python环境或在线分析平台进行注释。自动注释工具依赖于参考数据，且结果可能因所选参考数据的不同而变化。因此，...

在自动注释过程中，首先对单细胞测序数据进行聚类，如使用SCSA模型。SCSA的准确度曾被质疑，但随着数据库的更新，如omicverse整合和CellMarker的升级，算法性能得到提升。ov.single.pySCSA函数有特定参数设置，比如celltype和target，需要使用pySCSA_2023_v2_plus.db数据库。注释结果显示，自动注释有时会出现...