单细胞测序分析

1. 数据格式：scRNA-seq原始数据通常为FASTQ或BCL格式，前者需通过FastQC进行质量控制，后者则通过cellranger的mkfastq工具处理为FASTQ，再进行质控。2. 数据分析：首先，通过比对软件（如STAR）将FASTQ数据与参考基因组匹配，利用GTF文件进行基因分类。质控是为了剔除低质量细胞，关键指标包括基因数量、UMI数量...

细胞定量使用cellranger count，为Seurat分析准备数据。通过编写脚本，使用cellranger count命令执行分析，输出结果文件包括barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz和matrix.mtx.gz。Seurat分析流程如下：过滤数据，生成小提琴图，有助于确定后续分析的阈值。绘制nCount_RNA、nFeature_RNA、percent.mito等关系图，进...

数据分析：对测序数据进行分析，包括数据质量控制、比对、拼接、注释等步骤，得到单个细胞的基因型、表型、代谢过程、信号通路等信息。总之，单细胞测序技术是一种高效、高分辨率的分子生物学技术，可以帮助研究人员深入了解单个细胞的特性，为生物医学、生态学、农业等领域的研究提供关键信息。

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的快速发展使我们对细胞种类和特殊状态有了更深入的了解。然而，scRNA-seq对细胞悬液的细胞活性和数量有较高要求，使得许多珍贵的临床样本，如脑组织和肿瘤组织，无法进行scRNA测序。单细胞核RNA测序技术（snRNA-seq）的出现解决了这一难题。虽然细胞核内的遗传物质可以代表整...

随着测序技术的飞速发展，测序已经成为生信分析中的热点。其中，单细胞测序（scRNA-seq）因其能揭示单个细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，以及生物体内不同细胞类型的组成和功能，成为了生信分析中应用最为广泛的技术。小云今天分享的文章正是利用单细胞测序以及bulk-seq技术，以分枝杆菌（Mycobacterium ...

一、什么是单细胞测序？如果简单地说，单细胞测序就是获取单个细胞遗传信息的测序技术，似乎没有多大的帮助。为了理解这个问题，咱们不妨先来了解一下测序技术到底可以做些什么。目前，测序可以回答以下6类问题：1. DNA的序列：ATCG怎么排列，以及各序列的丰度；2. DNA的表观遗传修饰：比如甲基化、羟甲基...

作者优化了细胞壁消化的方法,考虑到 不同细胞组成的差异,消化时间使用的45min。然而在制备原生质体的过程中,通过过滤去除破碎细胞中的小碎片和细胞器,然后通过流式细胞仪进入10xGenomoics系统制备文库,然后利用Illumina平台测序,分析了来自三个独立重复的12525个单细胞,检测了28899个基因的表达, 与普通转录组的基因...

在生物学研究中，细胞类型的形成与组织器官的功能协调是关键问题，因此单细胞生物学成为研究热点。单细胞转录组测序能够揭示细胞间的细微差异，发掘细胞独特性，有助于发现新的细胞类型和细胞状态。单细胞转录组分析的第一步是细胞类群聚类分析，而定义细胞类群则需要使用Marker gene，这是后续分析的基础。然...

研究团队通过单细胞RNA测序技术，对来自器官捐赠者和前庭神经鞘瘤患者的耳石器官进行了深入分析。他们鉴定了13种细胞类型，并发现前庭神经鞘瘤患者的耳石器官中毛细胞前体数量显著增加，这是首次在体内证明人类内耳具有持续的再生过程。通过对细胞类型的转录组轨迹分析，研究揭示了基因表达模式和相关信号通路，如...

单细胞测序技术的真正价值在于其在科研领域的应用。尽管成本相对较高，但一篇高质量的文章往往需要对成千上万个细胞进行聚类分析，以全面可靠地揭示细胞异质性。一篇相关文章所需的单细胞测序预算大约在12万-20万左右，这体现了单细胞测序技术在科研中的重要价值。综上所述，单细胞测序技术的成本主要体现在...