MetaCyc、KEGG傻傻分不清?
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发布时间：2024-09-04 19:01
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时间：2024-09-04 20:16
一、MetaCyc数据库介绍
MetaCyc，全称为Metabolic Pathways From all Domains of Life，是BioCyc子数据库之一。BioCyc是一个专注于代谢通路的高质量数据库。MetaCyc是一个非冗余的、经过实验验证的代谢途径和酶的数据库。
● 包含来自3349种不同生物体的3006个代谢途径；
● 含有18124个代谢物，涉及初级和次级代谢以及相关反应、酶和基因的代谢途径；
● 可预测测序基因组中的代谢途径；
● 可与包含蛋白和核酸测序数据、文献数据和蛋白质结构等其他生物学数据库进行外部链接。
与KEGG相比，MetaCyc有何不同？接下来我们一起探究。
二、MetaCyc与KEGG比较
1、代谢物方面
相较于KEGG，MetaCyc提供的代谢物信息更为丰富，包括基本的物质信息、物质的化学性质（如：油水分配系数、拓扑极性表面积、标准吉布斯自由能等）。
2、通路方面
KEGG在通路检索方式上更为简单，通过通路名称或一个代谢物即可检索到相关通路。而MetaCyc除了通路名称外，还需要提供通路中包含的4个底物才能检索到对应的通路。在通路的完整度上，KEGG注重的是在所有物种中的通路汇总到一张图上，而MetaCyc则更注重不同物种中通路的差异化。虽然KEGG的通路覆盖更全面，但MetaCyc可补充部分KEGG通路上不全的部分，两者相互补充，效果更佳。
三、MetaCyc数据库使用
1、页面展示
打开官网链接 metacyc.org/，首页如下。
点击“Tools”即可检索基因、蛋白质、RNA、代谢物、反应、通路、生长介质等内容。
点击“Sites”选项，可出现Biocyc以及其他子数据库链接。（MetaCyc是BioCyc的一个子数据库）
2、Search Compounds——代谢物检索
点击“Search Compounds”进入MetaCyc代谢物检索页面，可以使用8种方式检索代谢物：代谢物名称、代谢物本体、代谢物同位素质量、代谢物分子质量、代谢物的简化分子线性输入规范码、代谢物的InChI、代谢物的 InChI key。
3、Search Pathway——通路检索
点击“Search Pathway”进入到具体检索页面，有9种检索方式：通路名称、通路本体、反应编号、通路底物、证据编码、物种、物种分类、基因工程或者自然存在、文献。
