4个肿瘤方向数据库,手把手教你如何进行生信数据挖掘!

发布网友发布时间：2024-08-20 22:37

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热心网友时间：2024-08-22 15:04

生信发SCI的套路在学术界愈发受到重视，尤其在原始数据的加工与利用上。面对海量公开数据库，如何筛选出有价值的资源，进行有效的数据挖掘，成为了生信研究的关键步骤。为此，本文整理了四个专注于肿瘤方向的数据库，旨在手把手教您如何进行高效的数据挖掘。

首先，CancerSEA 是一个专为单细胞测序数据设计的数据库，它收集了72个数据集中的单细胞测序结果，涵盖25种癌症的41900个肿瘤细胞。通过与HCMDB、Cyclebase和StemMapper等数据库的整合，CancerSEA数据库能够提供丰富的功能状态注释，支持用户进行基因搜索、状态搜索、浏览状态图谱、查看数据集信息和下载数据。通过这个数据库，研究人员可以深入了解单细胞在不同功能状态下的特性。

其次，COSMIC 是一个关于癌症相关体细胞突变位点的最大数据库之一。它收集了数千个涉及癌症发展的体细胞突变信息，包括文献中已知癌症基因的突变和全基因组重测序研究中收集的数据。用户通过输入基因名称或蛋白名称，即可查询详细的记录，从而为癌症研究提供有力的数据支撑。

接着是MEXPRESS，它是一个可视化TCGA数据库中患者临床信息与甲基化、表达之间关系的工具。MEXPRESS能够帮助研究人员观察基因表达、甲基化、拷贝数变化及其与临床信息的关联，只需输入基因名和研究的肿瘤类型，即可进行深入分析。与cBioPortal、Xena、TSVdb等工具相比，MEXPRESS的独特之处在于它同时提供了DNA甲基化的数据，并显示了相关性和矫正的p值，使分析更为全面。

最后，miRWalk3.0 是一个整合型miRNA靶基因数据库，整合了miRDB、TargetScan、miRTarBase等数据库中的信息，涵盖了人、小鼠等物种的miRNA靶基因数据。它不仅提供了预测的和实验验证过的miRNA靶基因信息，还使用了流行的方法预测miRNA的结合位点。用户可以通过单个或多个miRNA或mRNA进行搜索，获得详细的结果，包括图表和富集分析，并支持数据下载，适合研究感兴趣的miRNA靶基因或mRNA结合的miRNA。

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