KEGG数据库

发布网友 发布时间：2024-09-15 07:11

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热心网友 时间：2024-10-19 09:14

KEGG，这个集成了基因组、化学和系统功能的综合数据库，独特之处在于它将基因组数据与细胞、物种和生态系统水平的系统功能紧密关联，通过图形化的形式呈现复杂的代谢途径及其相互关系，为研究者提供了直观全面的了解途径。KEGG起源于1995年的Kanehisa Laboratories，至今已发展为包含KEGG PATHWAY和KEGG ORTHOLOGY等核心部分的数据库。

KEGG ORTHOLOGY以执行相同功能的基因聚类为特点，称为Ortholog Groups（KO），每个KO包含多个基因，并在多个途径中发挥作用。PATHWAY数据库则分为六大类：细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病、新陈代谢和生物体系统，层层细分，如第二层有43种子途径，第三层为详细图解，第四层提供详细注释。

在KEGG的代谢通路图中，酶通常用方框表示，内有EC编号，代谢物则用小圆圈标记，点击可查看化合物编号。通路图区分两种类型：白色小框的reference pathway概括性强，如map00010，而绿色小框species-specific pathway则针对特定物种，如酵母的sce00010，这些绿色框包含更详细的信息。KEGG的富集分析会统计物种特定的代谢变化，上调的用红色边框标识，下调的用绿色边框标识，以便于研究者解读。

热心网友 时间：2024-10-19 09:17

KEGG，这个集成了基因组、化学和系统功能的综合数据库，独特之处在于它将基因组数据与细胞、物种和生态系统水平的系统功能紧密关联，通过图形化的形式呈现复杂的代谢途径及其相互关系，为研究者提供了直观全面的了解途径。KEGG起源于1995年的Kanehisa Laboratories，至今已发展为包含KEGG PATHWAY和KEGG ORTHOLOGY等核心部分的数据库。

KEGG ORTHOLOGY以执行相同功能的基因聚类为特点，称为Ortholog Groups（KO），每个KO包含多个基因，并在多个途径中发挥作用。PATHWAY数据库则分为六大类：细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病、新陈代谢和生物体系统，层层细分，如第二层有43种子途径，第三层为详细图解，第四层提供详细注释。

在KEGG的代谢通路图中，酶通常用方框表示，内有EC编号，代谢物则用小圆圈标记，点击可查看化合物编号。通路图区分两种类型：白色小框的reference pathway概括性强，如map00010，而绿色小框species-specific pathway则针对特定物种，如酵母的sce00010，这些绿色框包含更详细的信息。KEGG的富集分析会统计物种特定的代谢变化，上调的用红色边框标识，下调的用绿色边框标识，以便于研究者解读。