生物信息工具 | 如何绘制“上流”的共发生网络图?

发布网友发布时间：2024-08-19 07:27

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热心网友时间：2024-08-29 18:49

本文将指导如何从头到尾使用R语言构建"上流"共发生网络图，简化数据准备的繁琐过程。主要内容包括数据导入、过滤、相关系数计算、以及生成和导出"graphml"格式的网络图，以便于Gephi或Cytoscape等工具的后续美化和定制。以下是具体步骤的概述：

1. 数据导入与过滤：使用范例数据，可从OmicShare论坛下载，进行初步的数据清洗和筛选。

2. 相关系数计算：利用Hmisc包的rcorr()函数计算Spearman或Pearson相关系数，处理为对称矩阵结构。

3. 网络图生成：构建网络结构，基于相关系数矩阵，生成Source和TargetOTU之间的连线，权重即相关系数。

4. 导出网络图：将计算结果导出为"graphml"格式，便于Gephi和Cytoscape等工具进一步操作。

5. 使用igraph绘制：尽管不如Gephi直观，但igraph可用于计算网络的拓扑属性，这里展示了初步绘制的网格图。

6. Gephi可视化：使用Gephi打开"graphml"文件，进行个性化调整，展示的网络图模块性相似。

以上步骤详解有助于快速掌握共发生网络图的绘制技巧，有问题或想法可在文章下方留言交流。