生信分析中的桑基图应用实例及绘制方法
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发布时间：2024-09-09 19:18
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时间：2024-09-14 22:17
桑基图，作为一种展示数据流量的流程图，广泛应用于用户流量分析等领域。其名称源自于1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”。在生信分析领域，桑基图能够直观地展现不同分子间的关系，如基因、RNA和蛋白质等在疾病发生过程中的相互作用。接下来，我们将通过具体实例探索桑基图在生信分析中的应用，并介绍其绘制方法。
### 构建ceRNA调控网络
在研究胆管癌（cholangiocarcinoma, CCA）中lncRNA相关的ceRNA调控网络时，桑基图被用来揭示lncRNA、miRNA和mRNA之间的关系。研究团队通过综合整合和分析lncRNA、miRNA和mRNA的数据表达谱，鉴定了1410个lncRNA、64个miRNA和3494个mRNA。构建的ceRNA网络不仅揭示了CCA特异的调控关系，还通过分析节点间的连接度识别了关键基因，如lncRNA KIAA0087、miRNA hsa-mir-211和mRNA KIAA1549，从而为理解CCA的发病机制提供了线索。
### 单细胞亚群分类
对于单细胞转录组分析原发性胃腺癌的转录异质性，桑基图则被用于展示不同细胞亚群间的分布，以及它们与Lauren的组织病理学类型和EBV感染状态的关系。通过聚类分析，研究者识别了5个显著的细胞亚群，并使用桑基图直观地展示了这些细胞亚群在胃腺癌中的分布情况，为细胞类型分类提供了可视化依据。
### 物种门类分类
在通过对真菌公共转录组数据分析发现新的病毒基因组的研究中，桑基图被用来展示不同真菌门类间的病毒分布情况。通过分析44种不同真菌的转录组数据，研究团队鉴定出59个完整的RNA病毒基因组，其中88%是新物种。桑基图直观地呈现了这些病毒在不同真菌门类中的分布，为理解RNA病毒在真菌界中的分布和多样性提供了重要信息。
### 基因组重测序变异类型
虽然在基因组重测序变异类型的分析中并未直接使用桑基图，但在其他生信分析中，桑基图可用于展示不同变异类型的频率或分布。通过可视化不同变异类型的数量或影响程度，研究者可以更清晰地识别变异特征和潜在的生物学意义。
### 桑基图绘制方法
桑基图的绘制方法多样，包括使用R包（如riverplot、d3Network、ggalluvial等）和OmicShare云平台。R包通常需要编程知识，而OmicShare云平台则提供了更简便的绘图流程，用户只需按照示例文件格式准备输入数据即可生成桑基图。此外，绘制桑基图时，可以自定义颜色、透明度、条带变化曲率和方格宽度等参数，以增强图表的可读性和信息展示效果。
桑基图作为生信分析中的重要工具，不仅能够直观地展示复杂数据之间的关系，还能够帮助研究人员快速理解生物系统中的动态过程和关键节点。通过上述实例的探索，我们不仅可以看到桑基图在不同研究领域的应用，也了解了其在生信分析中绘制和解读的关键步骤，为生信数据分析提供了有力的支持。
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时间：2024-10-02 04:28
桑基图，作为一种展示数据流量的流程图，广泛应用于用户流量分析等领域。其名称源自于1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”。在生信分析领域，桑基图能够直观地展现不同分子间的关系，如基因、RNA和蛋白质等在疾病发生过程中的相互作用。接下来，我们将通过具体实例探索桑基图在生信分析中的应用，并介绍其绘制方法。
### 构建ceRNA调控网络
在研究胆管癌（cholangiocarcinoma, CCA）中lncRNA相关的ceRNA调控网络时，桑基图被用来揭示lncRNA、miRNA和mRNA之间的关系。研究团队通过综合整合和分析lncRNA、miRNA和mRNA的数据表达谱，鉴定了1410个lncRNA、64个miRNA和3494个mRNA。构建的ceRNA网络不仅揭示了CCA特异的调控关系，还通过分析节点间的连接度识别了关键基因，如lncRNA KIAA0087、miRNA hsa-mir-211和mRNA KIAA1549，从而为理解CCA的发病机制提供了线索。
### 单细胞亚群分类
对于单细胞转录组分析原发性胃腺癌的转录异质性，桑基图则被用于展示不同细胞亚群间的分布，以及它们与Lauren的组织病理学类型和EBV感染状态的关系。通过聚类分析，研究者识别了5个显著的细胞亚群，并使用桑基图直观地展示了这些细胞亚群在胃腺癌中的分布情况，为细胞类型分类提供了可视化依据。
### 物种门类分类
在通过对真菌公共转录组数据分析发现新的病毒基因组的研究中，桑基图被用来展示不同真菌门类间的病毒分布情况。通过分析44种不同真菌的转录组数据，研究团队鉴定出59个完整的RNA病毒基因组，其中88%是新物种。桑基图直观地呈现了这些病毒在不同真菌门类中的分布，为理解RNA病毒在真菌界中的分布和多样性提供了重要信息。
### 基因组重测序变异类型
虽然在基因组重测序变异类型的分析中并未直接使用桑基图，但在其他生信分析中，桑基图可用于展示不同变异类型的频率或分布。通过可视化不同变异类型的数量或影响程度，研究者可以更清晰地识别变异特征和潜在的生物学意义。
### 桑基图绘制方法
桑基图的绘制方法多样，包括使用R包（如riverplot、d3Network、ggalluvial等）和OmicShare云平台。R包通常需要编程知识，而OmicShare云平台则提供了更简便的绘图流程，用户只需按照示例文件格式准备输入数据即可生成桑基图。此外，绘制桑基图时，可以自定义颜色、透明度、条带变化曲率和方格宽度等参数，以增强图表的可读性和信息展示效果。
桑基图作为生信分析中的重要工具，不仅能够直观地展示复杂数据之间的关系，还能够帮助研究人员快速理解生物系统中的动态过程和关键节点。通过上述实例的探索，我们不仅可以看到桑基图在不同研究领域的应用，也了解了其在生信分析中绘制和解读的关键步骤，为生信数据分析提供了有力的支持。
