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蛋白表达“未卜先知”--The Pathology Atlas数据库

发布网友 发布时间:2024-09-06 13:37

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热心网友 时间:2024-09-10 00:28

癌症的特异性生物标志物包括DNA、RNA、抗原、蛋白质或者多肽等生物分子。这些生物标志物的检测在诊断肿瘤类型、分析病程、指导治疗、检测复发或转移、判断预后等方面都具有重要价值。

肿瘤标记物的筛选一直是近年来研究的热点。科学家们通过构建肿瘤动物模型、单细胞测序、蛋白质测序等多种实验方法,筛选癌症及肿瘤的特异性标志物。然而,RNA、蛋白质在未知样本中的表达量未知,这为确定实验样本和检测手段带来了不少困扰。选择不合适的检测样本,即使采用优质的检测试剂或先进的检测技术,也无法得到理想的实验结果,从而浪费了时间和经济成本。那么,如何在检测之前了解样本中靶蛋白或RNA的表达量呢?

小优为您介绍一个功能强大的免费工具——The Pathology Atlas公开数据库。

(proteinatlas.org/humanp...)

The Pathology Atlas是The Human Protein Atlas数据库中提供疾病相关研究数据的部分,包含来自17种不同人类癌症的mRNA和蛋白质表达数据。

通过分析肿瘤组织中人类基因mRNA表达水平和近8000名癌症患者预后数据的相关性,得到18000多个具有显著性的结果(p <0.001),提示特定基因的表达与特定肿瘤的发生发展存在联系。

此外,通过组织芯片(TMA)分析不同癌症类型的蛋白表达情况,得到了超过500万个癌症组织的免疫组化(IHC)结果图,提示特定蛋白的表达与特定肿瘤的发生发展存在联系。

The Pathology Atlas提供17种癌症类型的蛋白质组数据。

以肺癌为例,为您展示The Pathology Atlas提供的数据信息。

肺癌是世界上发病率和病死率最高的癌症,吸烟是主要诱因。研究结果表明,环境因素和遗传因素也可以诱导肺癌。肺癌患者预后较差,所有阶段病人5年生存率男性为13.6%,女性为19.4%。预后不良的部分原因是发现时已是晚期,同时也缺乏有效的治疗方法。

The Pathology Atlas使用TCGA转录组学数据和蛋白质的抗体验证数据展现肺癌的蛋白质组。由994例患者的转录组学数据获得与肺癌预后密切相关的651个基因,包括354个预后不良相关基因以及297个预后良好基因。

以GALNT2基因为例,The Pathology Atlas提供与该基因与不同癌症预后的相关性分析详细数据,可见GALNT2与肾癌、肺癌和宫颈癌预后的相关系数p<0.001,提示GALNT2与上述癌症类型密切相关。

The Pathology Atlas提供GALNT2在不同肿瘤组织中的IHC染色结果图,每个肿瘤类型提供数十个病人的年龄、性别、人种、癌症阶段、预后时间,以及生存散点图、生存分析、对应的肿瘤组织IHC染色结果图等信息。

GALNT2蛋白在不同组织器官中的表达量,可见GALNT2蛋白在胰腺中表达量高,在肾上腺、气管、结肠、肾脏等组织中表达量中等,在骨髓、淋巴结、脾脏等组织中表达量低,在心肌、唾液腺、平滑肌等组织中不表达。这些数据为科学研究的实验设计、检测方法提供了前期的参考数据。

Anti-GALNT2 Antibody的IF/IHC/WB验证结果图

本文也列举了肝癌、胃癌、乳腺癌和胰腺癌的不良与后续相关基因,临床数据的分析为上述癌症相关肿瘤标志物的研究提供新的可能。

针对上述不良预后相关的基因,小优为您推荐IHC相关的研究工具:

抗体

IHC二抗试剂盒
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