Gromacs常用指令库

发布网友发布时间：2024-09-28 18:12

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热心网友时间：2024-10-04 21:01

1. 前处理

使用python renumber_pdb.py对protein.pdb进行重排氨基酸序列，命令为: python renumber_pdb.py -i protein.pdb -a -r > renumber.pdb。

过滤1aki.pdb中的水分子，命令为: grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb。

沿轴调整protein.pdb的位置，命令为: gmx editconf -f protein.pdb -o relocated.pdb -princ。

从复合物中抽取配体JZ4，命令为: grep JZ4 3HTB_clean.pdb > jz4.pdb。

建立dppc.pdb分子的盒子，命令为: gmx_mpi editconf -f dppc.pdb -o dppc_box.gro -d 0.0 -rotate 0 0 -90。

复制dppc_box.gro的盒子，命令为: gmx_mpi genconf -f dppc_box.gro -nbox 11 1 15 -o mem_up.gro。

根据VMD构建的碳纳米管生成gromacs的拓扑文件，命令为: gmx_mpi x2top -f CNT.gro -o CNT.top -ff select -nopbc -name CNT。

对氧化石墨烯的拓扑文件进行调整，命令为: gmx_mpi x2top -f go.gro -o go .top -ff select -nopbc -name go -nc 3 -cut 0.05。

生成分子的结构文件，命令为: gmx_mpi genrestr。

运行MD模拟，命令为: gmx_mpi mdrun -v -deffnm-nb cpu/gpu。

2. MD模拟

生成分子的拓扑文件，命令为: gmx_mpi pdb2gmx -f 6uui_clean.pdb -ignh -o *_processed.gro。

准备15个gromos54a7_atb的实例，命令为: 15 gromos54a7_atb。

转换分子格式，命令为: gmx_mpi editconf -f *_processed.gro -o *.pdb。

转换水分子格式，命令为: gmx_mpi editconf -f complex.pdb -o *_water.gro。

建立分子的盒子，命令为: gmx_mpi editconf -f *_water.gro -o *_newbox.gro -c -box 30.000 8.000 8.000。

溶剂化分子，命令为: gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro-maxsol 30000 -o 1AKI_solv.gro -p topol.top。

插入配体到分子中，命令为: gmx_mpi insert-molecules -box 2 2 2 -ci ligand.pdb -o complex.gro -nmol 1000。

再次插入分子，命令为: gmx_mpi insert-molecules -f protein.pdb -ci ligand.gro -o complex.gro -nmol 20。

进行离子化模拟，命令为: gmx_mpi grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr。

添加离子到分子中，命令为: gmx_mpi genion -s ions.tpr -o *_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral。

进行能量最小化模拟，命令为: gmx_mpi grompp -f minim.mdp -c *_ions.gro -p topol.top -o em.tpr。

运行能量最小化，命令为: gmx_mpi mdrun -v -deffnm em。

计算能量，命令为: gmx_mpi energy -f em.edr -o potential.xvg。

进行NVT模拟，命令为: gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr。

运行NVT模拟，命令为: gmx_mpi mdrun -v -deffnm nvt。

计算温度，命令为: gmx_mpi energy -f nvt.edr -o temperature.xvg。

进行NPT模拟，命令为: gmx_mpi grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr。

运行NPT模拟，命令为: gmx_mpi mdrun -v -deffnm npt。

计算压力，命令为: gmx_mpi energy -f npt.edr -o pressure.xvg。

进行MD拉伸模拟，命令为: gmx_mpi make_ndx -f nvt.gro。

进行MD拉伸模拟，命令为: gmx grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -r npt.gro -n index.ndx -t npt.cpt -o pull.tpr。

运行MD拉伸模拟，命令为: gmx mdrun -v -deffnm pull -pf pullf.xvg -px pullx.xvg。

进行MD模拟，命令为: gmx_mpi grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr。

在后台运行MD模拟，命令为: nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md_0_1 -nb gpu -g md.log &。

恢复中断的MD模拟，命令为: gmx_mpi mdrun -v -deffnm md1 -cpi md1.cpt。

进行MD模拟的延续，命令为: gmx_mpi convert-tpr -s md1.tpr -extend 5000 -o md2.tpr。

继续MD模拟，命令为: gmx_mpi mdrun -v -deffnm md2 -cpi md1.cpt -noappend。

进行数据分析

对md_0_1.tpr生成无PBC的轨迹文件，命令为: gmx_mpi trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center。

计算轨迹文件的rmsd，命令为: gmx_mpi rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns。

计算轨迹文件的gyrate，命令为: gmx_mpi gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvg。

计算轨迹文件的rmsf，命令为: gmx_mpi rmsf -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o rmsf.xvg -res。

提取轨迹文件的初始和末尾结构，命令为: gmx_mpi trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o first.pdb -sep -b 0 -e 0 -pbc mol。

提取轨迹文件的末尾结构，命令为: gmx_mpi trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o last.pdb -sep -b 2000 -e 2000 -pbc mol。

计算氢键，命令为: gmx_mpi hbond -f md_1_noPBC.xtc -s md_0_1.tpr -num hbnum.xvg -dist -ang -life -nhbdist -ac hbond_ac.xvg。

进行MD模拟，命令为: gmx_mpi grompp -f md.mdp -c ../md.gro -p ../topol.top -o md.tpr -n index.ndx。

恢复MD模拟，命令为: gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -rerun ../md.xtc。

计算能量，命令为: gmx_mpi energy -f md.edr。

进行二级结构预测，命令为: gmx_mpi do_dssp -f md.xtc -s md.tpr -tu ns。

将预测结果转换为ps文件，命令为: gmx_mpi xpm2ps -f ss.xpm -noframe -by 10 -bx 3。

计算分子表面接触，命令为: gmx_mpi sasa -f md.xtc -s md.tpr -surface “group protein” -output ‘ “Hydrophobic” group protein and charge {-0.2 to 0.2}; “Hydrophilic” group protein and not charge {-0.2 to 0.2}’。

进行PMF和ΔG的计算，命令为: gmx_mpi wham -it tpr-files.dat -if pullf-files.dat -o -hist -unit kCal。

计算分子间的最小距离，命令为: gmx_mpi mindist -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -od mindist.xvg。

跟踪分子间距离，命令为: gmx_mpi distance -s md.tpr -f md.xtc -select “com of resid 21 plus com of resid 29” -oall -oxyz。

保存特定时间轨迹为pdb文件，命令为: gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o time_3000ps.pdb -mp 3000。