FigDraw 13. SCI 文章绘图之桑葚图及文章复现(Sankey)

发布网友发布时间：2024-10-09 05:58

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热心网友时间：2024-11-16 19:49

欢迎来到桓峰基因公众号，这里专注于基于R语言的绘图教程，帮助你在SCI文章中制作出精准的图表。今天，我们将深入探讨的是如何利用R语言实现桑基图（Sankey）的绘制，以及如何在文章中进行复现。

桑基图，也称为桑基能量分流图，以其独特而直观的方式展示了数据流动的过程。它起源于1898年 Matthew Henry Phineas Riall Sankey 的蒸汽机效率图，如今被广泛用于展示用户流量等数据。在现代可视化工具中，无论是高级的JavaScript库（如D3、Echarts或highlight），还是常见的数据科学语言（如R和Python），甚至是商业BI工具（如PowerBI和Tableau），都能轻松创建桑基图。

使用R语言工具包制作桑基图

本文将介绍ggalluvial、networkD3和easyalluvial等R语言包的使用方法。桑基图的数据通常由三列组成，包括起点、终点和权重，我们需要预先整理数据，将其转化为适合绘制的格式。

1. geom_alluvium与ggalluvial

使用宽数据格式的ggalluvial绘制，如官网示例所示，可以帮助你快速理解基本绘制过程。虽然宽数据绘制直观，但定制化可能较复杂。

2. alluvial_wide与easyalluvial

对于更复杂的长数据，easyalluvial的alluvial_wide函数可以实现，它能对数值变量进行标准化和转换，便于分析。

3. sankeyNetwork与networkD3

networkD3提供了交互式的桑基图制作，让你的图表更具动态效果。

ceRNA网络图的应用

在ceRNA研究中，桑基图常用于构建网络图谱，如肝癌研究中的lncRNA-miRNA-mRNA靶向关系图。直接使用文献提供的原始数据，你可以制作出清晰展示网络结构的桑基图。

数据准备与获取

原始数据可以从相关文献附录获取，或者通过我们整理的本地数据。通过学习，你将掌握制作这类复杂图表的技巧。

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