单细胞数据在ENA数据库和NCBI的SRA是有区别的
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发布时间：2024-10-09 05:31
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时间：2024-10-16 15:37
在研究单细胞数据时，尤其是关于clear cell renal cell carcinoma (ccRCC)肿瘤微环境的数据，我们发现ENA数据库和NCBI的SRA在数据结构上存在差异。在尝试从PRJNA768891获取数据时，我首先尝试通过ENA下载，但发现使用sratoolkit的prefetch命令速度过慢。为解决这个问题，我推荐使用ebi数据库直接下载fastq测序数据，这需要预先配置conda环境，以及一个包含Aspera链接的fq.txt文件作为下载路径。
脚本会根据这个路径文件下载fastq文件，且对于单细胞atac和转录组数据，下载结果是不同的。在尝试使用cellranger处理时，发现ENA数据库中的单细胞atac样本只提供了两个fastq文件，而实际上每个样本需要四个，包括I1文件。NCBI的SRA数据库显示每个单细胞atac样本应有三个fastq文件，且格式特定为[Sample Name]S1_L00[Lane Number][Read Type]_001.fastq.gz，Read Type可以省略，但atac数据必须有三个文件，而ENA提供的两个文件显然不够。
总结来说，对于ccRCC项目的单细胞atac数据，从ENA下载是无效的，必须在NCBI的SRA数据库下载，并自行处理文件格式，以确保数据的完整性和正确性。官方10x Genomics的支持页面对此有详细说明。因此，获取和处理这类单细胞数据时，务必注意数据库的具体要求。
单细胞数据在ENA数据库和NCBI的SRA是有区别的
在研究单细胞数据时，尤其是关于clear cell renal cell carcinoma (ccRCC)肿瘤微环境的数据，我们发现ENA数据库和NCBI的SRA在数据结构上存在差异。在尝试从PRJNA768891获取数据时，我首先尝试通过ENA下载，但发现使用sratoolkit的prefetch命令速度过慢。为解决这个问题，我推荐使用ebi数据库直接下载fastq测序数据...
医学中sra是什么意思?
SRA是指"Sequence Read Archive"，中文翻译为"序列读取归档库"。这是一个由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的数据库，其中包含了各个生物领域的短读取序列数据。这些数据来源于各种DNA分离样品，例如细菌、真菌、动物、植物以及人类等。SRA的数据主要被用于生物信息学研究领域，用...
从NCBI SRA 下载的测序数据,分析后有了新发现,可以自己发文章吗?_百 ...
如果您的发现确实是新的，确实有突破(有可能别人已经发过相似的论文，只不过您不知道而已)，是可以发的。
如何下载NCBI上的SRA数据
NCBI的Sequence Read Archive (SRA) 数据库，主要存储高通量测序产生的短读数据，由INSDC成员维护。过去可通过wget、curl等工具下载，但现在推荐使用SRA toolkit的prefetch工具，以确保完整获取主文件和相关附件。由于SRA数据存储在云服务上，wget、curl可能无法直接访问。SRA数据结构如下：项目（PRJ/ERP/DRP）...
geo、sra和bioproject这几个是什么关系呢?
GEO ID指的是NCBI（国家生物技术信息中心）中上传基因数据后的标识符，对应的是一个页面，页面上提供了数据的中间文件，如转录组数据的表达矩阵、芯片数据的注释文件、单细胞测序的细胞注释、突变的vcf文件等。SRA（Sequence Read Archive）则是这些中间数据的原始来源。原始数据通常指测序、芯片等实验的原始...
NCBI中SRA数据库相关求助
yinzhangqian 从ncbi上有看到一些，头大。可能是版本等不一样，操作起来有困难。求具体指导 lying_dragon sra toolkit里面的一个程序dump2fastq来转换sra文件。
NCBI数据库下载SRA数据
获得SRA数据的全部信息 这两个网址可以直接使用迅雷进行下载 另一个下载可以使用Aspera软件下载（服务器端口）本文件还包括样本所有的信息，如：数据下载，可以使用迅雷下载，或在服务器中下载。设置下载线程数量 设置下载缓存，缓存越大，下载速度越快 设置后，即可下载。注意：迅雷下载，不能中断，如有中断...
转录组数据在论文里要放什么序列
1、原始序列：包括测序平台产生的原始序列数据，可以存放在公共数据库中，如NCBISRA，ENA等。需要提供测序的ID号、库名、测序平台、测序长度等信息。2、清洗后的序列：清洗后的序列文件，包括去除接头序列、低质量序列、低复杂度序列等处理的结果。需要提供序列清洗的方法、参数、清洗后的序列长度、数量等...
NCBI上传测序数据
首先，注册并登录NCBI账号。点击红色提示，使用邮箱进行注册，登录后继续。进入数据上传界面，选择SRA数据库，开始提交新的提交。在填写个人信息时，务必填写所有必填项。接下来，选择项目的基本信息，确认没有Bioproject和Biosample，设置数据释放日期。接着，为项目和数据提供详细的标题、描述以及物种类型（以...
网上的生物信息学资源都有哪些
NCBI-Gene：以基因为单位，整合了pathway、variations、phenotype等信息。对于Human genes而言，GeneCards比NCBI有更好的对人类基因、蛋白的注释（表达、相互作用、同源蛋白、功能、遗传变异等）。NCBI-SRA 新一代测序技术的短序列database，每5个月数据就会翻倍。NCBI-Taxonomy 把所有至少有一个基因被测序过...
