基因型文件格式转换
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发布时间：2024-10-04 15:03
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时间：2天前
随着GWAS研究的深化，模型众多且软件各异，对基因型数据格式的需求也随之复杂。不同软件使用的数据格式间的转换是必不可少的，PLINK提供了解决方案。以下是PLINK支持的一些格式转换操作。
从bed/bim/fam格式转换为ped/map:
输入：xx.bed, xx.bim, xx.fam
输出：xx1.ped, xx1.map
使用参数：--bfile xx --recode --out xx1，允许处理缺少特定信息的.fam或.ped文件。
ped/map转为bed/bim/fam格式:
输入：xx.ped, xx.map
输出：xx2.bed, xx2.bim, xx2.fam
通过：--file xx --make-bed --out xx2。
SNP编码转换至加性模式(012编码):
输入：xx.ped, xx.map
输出：xx.raw
输出文件xx.raw用于R处理，编码规则为：两个主等位基因编码0，杂合编码1，两个次等位基因编码2。
vcf文件转ped/map:
输入：xx.vcf
输出：xx.ped, xx.map
使用：--vcf xx --allow-extra-chr以处理非标准染色体编号。
bed/bim/fam转vcf:
输入：xx.bed, xx.bim, xx.fam
输出：xx.vcf
通过：--recode 'vcf'等修饰符生成压缩或未压缩的vcf文件。
对于特定的牛津格式（如bgen）与PLINK格式的转换，例如bgen转bed/bim/fam:
--maf 0.05用于过滤低频变异。
plink二进制文件转bgen格式，根据bgen版本不同，可能需要.bgen和.sample文件。
以上就是基因型文件格式转换的实用指南，下次我们将讲解如何使用PLINK进行数据质控。期待你的留言和问题，如果你觉得有用，请分享和关注我们的更新。
基因型文件格式转换
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如何把doc文件转换成PDF格式？
"1.当然可以，首先要确定自己有一个pdf文档，而且确定目的是需要将pdf文档转换为word格式，然后我们将现有文档通过迅捷pdf转换器软件打开。2.通过选择PDF转换页面功能其中的PDF文件转WORD项目拖入文件。3.接着在迅捷pdf转换器下方按自己的需要是否更改文件名，然而在保存类型中选择*.doc选项。4.全部设置完成点击开始转换，确定自己设置好路径、更改文件名和保存类型即可。5.转换完成之后的word文档同样可以通过迅捷pdf转换器重新转换成一开始的pdf文档。"1.当然可以，首先要确定自己有一个pdf文档，而且确定目的是需要将pdf文档转换为word格式，然后我们将现有文档通过迅捷pdf转换器软件打开。2.通过选择PDF转换页面功能其中的PDF文件转WORD项目拖入文件。3.接着在迅捷pdf转换器下方按自己的需要是...
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基因组常见文件格式
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基因数据格式
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生信格式之vcf格式
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【技术贴】如何从数据库挖掘基因并筛选TagSNP(医学篇)(2)
2.利用ensembl在线工具获得Haploview4.2软件输入格式文件 Haploview4.2软件导入基因型文件格式为ped文件，因此根据基因物理位置利用ensembl在线工具Vcf to Ped转换工具获取汉族人群的目的基因SNP基因分型信息。具体操作如下：a.进入Ensembl官网（asia.ensembl.org/index...），点击“tools”，选择vcf to ped c...
GWAS -4 VCF格式文件转为Plink文件
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Annovar注释细节说明(二)
细心的你应该发现了问题，原来的VCF中有7个位点，转换后只剩下了3个位点，这是因为：这个vcf文件是3个样本的结果，默认情况下只会输出第一个样本的结果，但是第一个样本的第1、2、3、5、6行的基因型都是 0|0，即没有发生变异，因此不输出；而第4行的基因型是1|2，发生了2个变异(20 1110696...
