跟着Nat Med. 学作图 | GSVA+limma差异通路分析+发散条形图

发布网友发布时间：2024-10-04 10:47

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热心网友时间：2024-10-05 19:02

Lambrechts D, Wauters E, Boeckx B, et al. Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment[J].Nat Med, 2018, 24(8): p. 1277-1289.

近期许多同学都在后台询问关于这个图的讲解，今天我将简要介绍一下。

Gene Set Variation Analysis（GSVA）即基因集变异分析，是一种非参数的无监督分析方法，主要用于评估芯片和转录组的基因集富集结果。该方法主要通过将基因在不同样本间的表达量矩阵转化为基因集在样本间的表达量矩阵，从而评估不同的代谢通路在不同样本间是否富集。通常应用于单细胞转录组中，比较不同细胞类型的差异基因集。

GSVA流程示意图。doi:10.1186/1471-2105-14-7

示例数据及代码领取GSVA导入示例数据参考基因集数据库，具体介绍请见：Q&A | 如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析

在此，我们使用hallmark gene sets进行开始分析。

结果展示

往期

跟着Cell学作图 | Proteomaps图

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Gene Set Variation Analysis（GSVA）即基因集变异分析，是一种非参数的无监督分析方法，主要用于评估芯片和转录组的基因集富集结果。该方法主要通过将基因在不同样本间的表达量矩阵转化为基因集在样本间的表达量矩阵，从而评估不同的代谢通路在不同样本间是否富集。通常应用于单细胞转录组中，比较不同细胞...

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