使用PyMOL 可视化蛋白质-蛋白质对接

发布网友发布时间：2024-10-02 11:35

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热心网友时间：2024-11-06 06:17

在这一集的蛋白质-蛋白质对接可视化教程中，我们将使用PyMOL展示对接结果。首先，确保你已准备好对接的PDB结构（来自ZDock/PatchDock/Cluspro），并安装了PyMOL。以下是五个步骤，帮助你制作出专业的可视化图像：

1. 打开PyMOL，导入对接后的pdb结构，如1IGR和1B9G，它们分别代表受体和配体。

2. 去除对接模型中的溶剂分子，通过输入"remove solvent"命令并在命令行中执行。

3. 使用"show sticks by residues of 1IGR with 5 angstroms of 1B96"等命令，突出显示关键的键合结构，分别对两个分子执行类似操作。

4. 调整透明度和隐藏不需要的元素，如磷酸盐离子和非键合原子，以得到清晰的展示。

5. 在第3步中，搜索并选择形成接触键的氨基酸残基，标记并与键一起显示，确保正确选择并调整标签位置。

最后，利用PyMOL的Draw/Ray功能，拍摄并保存你的可视化图像。通过这个过程，你将获得对蛋白质-蛋白质相互作用的清晰洞察。参考文章和版权信息位于文章末尾。现在就动手实践，让你的对接结果更具说服力吧！