生物信息学常见格式概述
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发布时间：2024-10-07 21:13
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时间：2024-12-14 08:52
FASTQ格式：用于高通量测序数据，包含序列标识符、序列数据、质量信息等。序列标识符后是序列内容，接下来是质量值，以ASCII码表示测序质量，与序列数据一一对应。FASTQ格式提供序列数据和质量信息，支持后续的序列处理、比对、变异检测和基因组组装分析。
"bax.h5"格式：由PacBio开发，用于存储单分子实时测序数据。此格式包含原始测序数据、质量值和其他测序参数，适用于基因组学和高通量测序分析。
"fast5"格式：Oxford Nanopore Technologies开发，用于存储纳米孔测序原始数据。包含信号数据、元数据等信息，适用于纳米孔测序技术的数据处理和分析。
BAM格式：二进制文件格式，用于存储测序数据与参考基因组的比对结果，包含比对位置、质量值等信息。BAM格式提供高效率的存储和处理方式，支持基因组比对分析。
SAM格式：文本文件格式，记录测序数据与参考基因组的比对信息，包括读取名称、比对位置、质量分数等。SAM格式灵活，支持多种分析需求。
GFF3格式：通用生物信息学文件格式，用于存储基因组注释信息，描述基因组结构和功能，包含序列名称、类型、位置等属性。
GTF格式：与GFF3类似，用于存储基因组注释信息，但要求以gene_id和transcript_id开头，提供更详细的转录本信息。
BED格式：用于描述基因组区域或特征的文本文件格式，包含染色体名称、起始和结束位置、名称等信息，广泛应用于基因组注释、分析等领域。
BEDPE格式：描述配对末端测序数据中两个末端序列的相对位置、方向和距离，适用于基因组结构分析、DN*段相互作用等领域。
VCF格式：用于描述遗传变异数据，如SNP、插入缺失变异等，包含变异位点的位置、参考序列、变异的等位基因等信息，支持基因组学和遗传学研究。
SRA格式：公共数据库中用于存储和共享原始测序数据的格式，包含原始测序数据、测序质量得分和元数据信息，促进基因组学、转录组学研究。
RDS格式：单细胞RNA测序数据存储格式，包含基本信息、样本信息、基因表达矩阵、质控信息等，支持单细胞RNA测序数据分析。
