从PDB生成RELION所能用的3D References或Initial model

发布网友发布时间：2024-10-07 11:21

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热心网友时间：2024-10-30 02:31

介绍RELION软件在自动挑颗粒过程中的参考问题及Initial model生成方法

RELION自动挑颗粒可采用2D references、3D references与Laplacian-of-Gaussian方法。若手头有相似PDB结构，可依据其生成map作为3D reference。此新生成map能作为Initial model使用。

生成map的具体步骤如下：

1. 在chimera中打开PDB文件，使用命令"molmap #编号分辨率"生成密度，另存为map文件（示例：yangcong.mrc）。

2. 打开volume viewer，显示voxel size（示例中为1.07），并查看其显示效果。

3. 若要调整参数，如将pixel size更改为2.14，box设为400 pixel，可在RELION环境下执行以下命令：

relion_image_handler --i yangcong.mrc --o yangcongnew.mrc --angpix 1.07 --rescale_angpix 2.14 --new_box 400

若遇到奇数偶数问题导致命令执行不成功，可尝试：

relion_image_handler --i yangcong.mrc --o yangcongnew.mrc --angpix 1.07 --new_box 400 --force_header_angpix 2.14

以上内容涵盖了利用PDB结构生成RELION适用的3D References或Initial model的主要流程，希望对您的研究有所帮助。在AI技术发展的背景下，我们持续学习以适应新的挑战，愿与您共同探索前沿科学。