新手实现Autodock Vina对接的具体过程

发布网友发布时间：2024-10-03 15:45

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热心网友时间：2024-11-10 20:37

这篇文章详细介绍了新手如何在Windows系统上使用Autodock Vina进行分子对接的全过程。首先，找到Autodock Vina的下载资源并通过官网下载Windows版本，然后安装并确认其无图形界面的命令行性质。对接前，准备好受体pdbqt文件、配体pdbqt文件和对接位点数据，推荐不使用AutodockTool而是用DS和Open Babel进行文件处理以减少错误。具体步骤包括使用DS软件处理PDBID为4mds的蛋白，确定并保存对接位点，然后利用Open Babel将PDB文件转换为pdbqt格式。对接过程中，创建配置文件，输入对接参数，并在命令提示符中执行vina命令。对接完成后，将会有输出结果和日志文件。整个过程需要注意文件夹和文件名的命名规则，避免特殊字符。最后，对接结束后可以进一步处理结果数据以可视化。