autodock vina 进行分子对接的详细教程(适合新手)

发布网友发布时间：2024-10-03 15:45

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热心网友时间：2024-11-14 11:20

在分子对接的世界里，autodock vina 是众多工具中的一种。虽然商业软件如Schrödinger的Mestro因其易用性吸引人，但其收费模式对于预算有限的研究团队来说可能不太友好。相反，开源的autodock vina 提供了免费且灵活的选择。

对于新手，最简便的入门路径是通过MGTtools组件访问autodock vina的可视化功能，同时下载相应的软件包。整个流程包括：首先，设置工作路径，以确保文件的顺利查找；接下来，处理蛋白质和配体。蛋白质通常以pdb格式获取，可通过AlphaFold2预测或数据库如PDB和CCDC获取，然后进行去水、加氢、计算电荷和原子类型设置，保存为pdbqt格式。

配体的准备通常推荐使用mol2格式，可以先用chemdraw3D或open babel将mol格式转换。打开mol2文件后，检查氢位置是否缺失，若需添加，可通过软件中的相应功能。最后，对于那些没有包含氢位置的坐标集，需要手动进行处理。

这个教程并未结束，后续还有更多步骤和细节需要掌握。对于更深入的指导，可以参考NatProtoc 2016年的一篇文章，其中详细阐述了整个分子对接的过程和方法。