Autodock对接具体步骤简洁版(只包含操作步骤)

发布网友发布时间：2024-10-03 15:45

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热心网友时间：2024-11-10 20:17

以下是Autodock对接的简要操作步骤：

首先，处理蛋白质和小分子:

对于蛋白质：选择文件>读取分子，删除水分子，添加氢，选择大分子，保存为pdbqt，然后删除所有分子。
对于小分子：同样读取分子，添加氢，检测和设置扭转键，保存为pdbqt，最后清除所有分子。

接下来，设置对接参数:

打开网格，选择蛋白质，设置小分子映射类型。
调整网格大小，确保包住两者，然后保存GPF文件。
运行autogrid，选择GPF文件，开始对接。
在Docking部分，设置固定文件，选择小分子作为受体，设置搜索参数和对接参数，保存dpf文件。

开始对接过程:

运行autodock，浏览dpf文件，开始计算，结束后删除所有分子。

最后，分析对接结果:

打开分析，查看对接结果文件。
分析大分子和构象，按照能量排序，构建氢键并查看信息。
加载其他数据，导出pdbqt格式，转换为pdb并使用pymol查看。

通过以上步骤，您可以完成Autodock的对接过程和结果分析。