PDB文件详解一:标题部分
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发布时间：2024-10-03 08:49
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热心网友
时间：2024-10-04 13:47
VScode插件Protein Viewer辅助显示颜色
PDB格式代码的特点：按行按列整齐，字符示意清晰，非常便于人类读取
这正是PDB格式在蛋白质这类生物大分子的晶体结构表示上无可替代的一点，无论是CIF还是mmCIF都无法做到如此简单清晰地显示晶体结构，从而让人在代码层面直接修改变得非常简单
建议：多看，多琢磨，逐渐会从习惯用可视化软件打开PDB变成用文本编辑器打开PDB
第一部分 标题
HEADER
OBSLTE
TITLE
SPLT
CAVEAT
COMPND
SOURCE
KEYWDS
EXPDTA
NUMMDL
MDLTYP
AUTHOR
REVDAT
SPRSDE
JRNL
REMARKS
以PDB ID：3HTB为例对部分行头做详细介绍
HEADER记录通过idCode字段独特标识PDB条目，并提供分类，包含归档日期，即PDB官方收到这份记录的时间，ID号为每份PDB记录独有
TITLE记录包含实验或分析的标题，与引文标题标识出版物的方式相同，标题通常包含实验类型，突变描述等
COMPND记录描述条目中的大分子内容，显示分子类型与分子描述，如名称，链序号，异名，EC号，重组状态，突变等信息
SOURCE记录标注每个生物分子的生物或化学来源，包含通用名与科学名称，以及菌株或细胞系信息
KEYWDS记录包含与条目相关的一系列关键词，用于简单分类和生成索引文件
EXPDTA记录呈现实验信息，包括实验技术，如X射线衍射，冷冻电镜等
AUTHOR记录包含负责条目内容的人员名单
REVDAT记录包含条目发布后进行的修改历史
JRNL记录包含描述实验结果的原始文献引用
REMARK部分包含实验细节，注释，评论和未包含在其他记录中的信息，用于扩展其他记录的内容，如分辨率，当前文件修订版本等
下期将说明PDB文件第二部分：一级结构
