一文揽尽:ChIP实验原理+步骤+注意事项

发布网友发布时间：2024-10-03 01:02

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热心网友时间：2024-11-29 23:56

ChIP实验是研究蛋白质与基因相互作用的关键技术，由于其能全面反映结合在DNA上的*蛋白，因此实验结果可信度高。

实验原理：ChIP，即染色质免疫共沉淀，通过抗体捕捉特定结合DNA的蛋白质。实验中，DNA与组蛋白结合，被卷起并有序排列。组蛋白中的H3亚基若被乙酰化修饰，则表明该区域DNA可能较为活跃。实验中，使用乙酰化H3抗体作为对照。

实验流程：通常需要两天完成。第一天进行甲醛固定、细胞收集、破碎，加入目标蛋白抗体，过夜孵育；第二天至第三天，加入Protein A Agarose，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，清洗非特异性结合物，洗脱富集复合物，解交联，纯化富集DN*段，通过qPCR分析结果。

实验注意事项：交联染色质是为了增强DNA与蛋白结合的稳定性。甲醛用量需严格控制，通常在细胞培养液中添加至1%，并确保所有细胞在交联后收集。超声波剪断染色质时，需选择合适的功率和时间梯度以达到最佳破碎效果。实验正对照包括使用乙酰化H3抗体和GAPDH启动子对应的PCR引物。

设计实验引物时，应瞄准基因启动子区域，利用NCBI辅助分析，通常在转录起始区域上游100~1000bp选择。实验中需设计至少两组引物，以确保结果准确。