肿瘤免疫 · 实操教程Day19、TISCH实操教程
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发布时间：2024-10-05 10:34
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时间：2024-11-24 14:09
肿瘤微环境由多种细胞组成，包括肿瘤细胞、成纤维细胞、血管内皮细胞、免疫细胞、可溶性蛋白甚至囊泡和细胞外基质。这一环境显著影响肿瘤的诊断、生存结局和临床治疗的敏感性。近来，免疫浸润已成为肿瘤研究的重点领域。认识到肿瘤组织中并非全部细胞都是肿瘤细胞，而是多种细胞类型的共同作用，使得肿瘤微环境的单细胞测序变得极为必要。
TISCH是专注于肿瘤微环境的scRNA-seq数据库，提供单细胞水平详细的细胞类型注释，帮助探索不同肿瘤类型的肿瘤微环境特征。其界面友好、操作简便，数据库中的基因表达谱信息揭示了肿瘤与微环境中其他细胞之间的相互作用。
通过TISCH数据库（网址：tisch.comp-genomics.org），可以探索特定基因在肿瘤微环境的各种细胞（包括肿瘤细胞、免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞）的表达和分布情况。利用基因表达谱，可以进一步分析肿瘤与微环境中其他细胞的相互作用，深入理解肿瘤微环境的复杂性。
数据来源明确，主要来自GEO和ArrayExpress数据库，包含28种肿瘤类型、79个数据集、2045746个细胞，既有人类细胞，也有小鼠细胞，既包括治疗的样本，也包括未治疗的样本，为分析提供丰富的数据资源。数据处理流程包括数据收集、样本质控、前处理、信息整理、模块分析和数据下载。
TISCH数据库包含Home、Dataset、Gene、Documentation和Statistics等多个部分。在Home页面，可直接输入基因名称，选择肿瘤部位进行检索。在Dataset页面，用户可以根据条件设置检索条件，如细胞类型、数据集、物种、治疗状态和原发或转移情况。点击Compare后，输入兴趣基因，网站会提供数据集的可视化降维分析结果，展示基因在不同细胞类型中的表达情况。
在基因模块中，用户可以检索兴趣基因的表达情况，查看其在免疫细胞和非免疫细胞中的分布，并可选择肿瘤类型进行分析。结果以热图形式展示，点击进入后，可以看到非常详细的单细胞图，有的还带有小提琴图，直观展示了基因表达的分布。
Documentation部分展示了数据处理流程和设计思路，对于理解数据库的构建和分析方法非常重要。此外，TISCH数据库对肿瘤微环境细胞的分类提供了阐释，将细胞分为肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞，主要关注点在于免疫细胞。因此，在使用TISCH数据库时，结合其他经典数据库如GEPIA，先分析兴趣基因在肿瘤组织中的高表达，找出差异表达基因，并结合其生存影响，有助于深入理解肿瘤与免疫系统的相互作用。
通过实践操作，可以利用视频教程和已发表论文，如探讨m5C RNA甲基化调节基因在三阴性乳腺癌中的预后意义和异质性、ADAR上调在乳腺癌进展中的作用及潜在治疗靶点、CD47分子在卵巢癌微环境中的表达谱系等，进一步探索和验证TISCH数据库在肿瘤免疫分析中的应用价值。
本教程旨在为果友们提供全面的肿瘤免疫学实践知识，通过结合临床和科研资源，搭建沟通桥梁，促进医生与科研人员的交流与合作，共同推动科研成果在临床实践中的应用，惠及广大患者，让科研服务于大众。
