如何统计bam文件中的reads数←糗世界对《如何计算cuffdiff中的fpkm

发布网友发布时间：2022-05-19 09:01

共1个回答

热心网友时间：2023-05-05 13:00

1.读取日志文件。对于bowtie的日志，其中会包括如下的描述：
31991083 reads; of these:
31991083 (100.00%) were unpaired; of these:
6844445 (21.39%) aligned 0 times
18391269 (57.49%) aligned exactly 1 time
6755369 (21.12%) aligned >1 times
78.61% overall alignment rate
从中，我们就可以了解到测序文件的总reads数为31991083,其中100%是unpaired。其中，21.39%没有比对成功，有57.49%确定为一个比对位点，有21.12%有多余一处位点。

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