转录组测序后的质量评估应该从哪些方面入手

发布网友发布时间：2022-04-24 05:30

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热心网友时间：2023-11-01 00:20

摘要中心法则：遗传信息从DNA传递给RNA，再传递给蛋白质，你要看看某个或某几个已知的基因在不同组中的mRNA表达量，可以做荧光定量PCR。如果说你不知道你的不同组之间哪些基因表达量发生了变化，或者说你要看几百个或几万个基因的表达量，那么就要做转录组，一次性检测样品中所有转录出来的mRNA表达水平。转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的*是目前研究最多的，也是生物体最重要的*方式。对于真核生物来说，基因组比较大，测一个全基因组比较难，但是测转录组还是比较容易实现的。转录组测序转录组测序(Transcriptome sequencing)是通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用于研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本预测等。目前，转录组测序已经被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。咨询记录 · 回答于2021-12-08转录组测序后的质量评估应该从哪些方面入手中心法则：遗传信息从DNA传递给RNA，再传递给蛋白质，你要看看某个或某几个已知的基因在不同组中的mRNA表达量，可以做荧光定量PCR。如果说你不知道你的不同组之间哪些基因表达量发生了变化，或者说你要看几百个或几万个基因的表达量，那么就要做转录组，一次性检测样品中所有转录出来的mRNA表达水平。转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的*是目前研究最多的，也是生物体最重要的*方式。对于真核生物来说，基因组比较大，测一个全基因组比较难，但是测转录组还是比较容易实现的。转录组测序转录组测序(Transcriptome sequencing)是通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用于研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本预测等。目前，转录组测序已经被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。样品检测高质量的 RNA 是整个项目成功的基础，为保证测序数据准确性，我们使用以下方法对样品进行检测，检测结果达到要求后方可进行建库:(1) 琼脂糖凝胶电泳检测 RNA 是否有污染及其降解程度;(2) Nanodrop 检测 RNA 的纯度(OD260/280)、核酸吸收峰是否正常，及初步的浓度定量;(3) Qubit 对 RNA 浓度进行精确定量;(4) Agilent 2100 精确检测 RNA 的完整性，包括:RIN 值、28S/18S、图谱基线有无上抬、5S 峰。文库构建样品检测合格后，进行文库构建，主要流程如下:(1) 用带有 Oligo(dT)的磁珠富集真核生物 mRNA。(2) 加入阳离子(Mg2+)将 mRNA 进行随机打断。(3) 以 mRNA 为模板，用六碱基随机引物(random hexamers)合成第一条 cDNA 链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和 DNA polymerase I 合成第二条 cDNA 链，利用 AMPure XP beads 纯化 cDNA。(4) 纯化的双链 cDNA 再进行末端修复、加 A 尾并连接测序接头，然后用 AMPure XP beads 进行片段大小选择。(5) 最后通过 PCR 富集获得最终的 cDNA 文库。亲，希望以上回答对您有所帮助，如果您对我的回答满意的话，麻烦给个五星赞哦！

热心网友时间：2023-11-01 00:20