SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类
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发布时间：2023-07-11 04:17
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时间：2024-11-30 18:02
SCENIC主要用于基因*网络的重建和细胞状态的鉴定。
（a）使用 GENIE3 或 GRNBoost 推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。RcisTarget可识别那些调节子的结合基序在目标基因中显着富集的模块。并创建仅具有直接target的调节单元。 AUCell 对每个细胞中每个调节单元的活性进行评分，从而产生活性矩阵。细胞状态基于调节子网络的共有的活性。（b）SCENIC在小鼠大脑数据上的结果; 聚类标签的颜色对应主调节子。（c）显示了文献（A）证实的转录因子或具有MGI（B）的脑表型的转录因子，以及丰富的DNA基序。（d）活性矩阵上得到的t-SNE。每个细胞标记了最活跃的基因调节网络的颜色。（e）此数据集上不同聚类方法的准确性。
原文： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5937676/
SCENIC在R中实现基于三个R包：
1.GENIE3：推断基因共表达网络
2.RcisTarget：用于分析转录因子结合motif
3.AUCell：用于鉴定scRNA-seq数据中具有活性基因集（基因网络）的细胞
SCENIC的安装参考： 安装
（未完待续）
