参考基因组序列名GRCh38,hg38,GRCh37,hg19怎么区分
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发布时间：2022-04-25 12:36
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时间：2022-05-18 11:16
GRCH37，b37和hs37d5： 可以将hs37d5理解为b37的升级版，b37为GRCH37的升级版。b37在GRCH37的基础上进行命名和坐标系统规范，包括线粒体和GL开头的一些没有定位到基因组的序列；
hs37d5在b37基础上增加了一条病毒序列（疱疹病毒），一条decoy序列（hs37d5，来自BAC或者质粒克隆等，没有具体的变异检测的作用，但是能增加比对率，以及提升正确的比对率），并且在Y染色体上把X,Y染色体的同源区mark 成了N。
hg19与hs37d5的坐标系统一样，1-X,Y染色体碱基信息一模一样。线粒体有差别（版本不一样，hs37d5用的是修正版的NC_012920，而hg19是老版NC_001807），建议使用NC_012920（也有基于hg19更新线粒体信息的hg19基因组）。
扩展资料：
GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致，主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。GSDB数据库可以通过万维网查询，也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法，熟悉数据库结构化查询语言SQL，对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。
该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式，大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据，并在发送之前对数据进行检查，以确保数据的质量。
参考资料来源：百度百科-基因组序列
