如何将rna-seq的数据提交到ncbi中geo9
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发布时间：2023-10-19 06:41
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时间：2024-11-25 00:59
1.首先建立一个meta file，即包含实验信息的文件
2.将测序的fastq（*.fq或*.fastq）文件准备好，此为原始数据（必须）。
3.将每个fastq文件处理后（去接头，合并相同序列）的序列整理为SEQ
COUNT两列的文件即可，此为处理后数据（应该也是必须）
4.将这些文件压缩为文件包（zip或RAR），命名为:账户名(你的GEO账户名).rar
5.上传至ftp://geo:D0gDAzr0va@ftp-private.ncbi.nih.gov/fasp，因为文件较大，推荐使用flashXP；除非网络好，超快。
6.写一份邮件给GEO的网管：geo@ncbi.nlm.nih.gov，说明你的数据已经上传，让其尽快发布，
我写的例子：
Dear
Sir,
We would like to submit our Illumina Genome Analyzer results to your GEO
web site.
We have upload our data file zmyang_files.rar to ftp://geo:D0gDAzr0va@ftp-private.ncbi.nih.gov/fasp under the
GEO account user name xxx.
xxx.rar includes:
Illumina meta file:
GEO_Illumina_metadata.xls
processed data
files:
x.txt
y.txt
z.txt
raw data files in fastq
format:
x.fq
y.fq
z.fq
We want to release our data ASAP.
Thanks.
该流程我已重复n次，亲自手写流程，保证可靠。
实际该流程在GEO网站是有个大概的，但是所言含糊，需分析逻辑而后得其详。 转载
