怎样通过AccessionNumber 怎样获得 RNA序列?
发布网友
发布时间：2022-04-30 08:01
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热心网友
时间：2022-04-12 14:29
处理序列首选的语言就是Perl嘛
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以下这个例子可以利用 accesion number 获取一个蛋白质的fasta格式序列（或核苷酸序列）并将它输出到STDOUT：
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::DB::GenPept;
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::SeqIO;
my $db = new Bio::DB::GenPept();
# my $db = new Bio::DB::GenBank(); # if you want NT seqs
# use STDOUT to write sequences
my $out = new Bio::SeqIO(-format => 'fasta');
my $acc = 'AB077698';
my $seq = $db->get_Seq_by_acc($acc);
if( $seq ) {
$out->write_seq($seq);
} else {
print STDERR "cannot find seq for acc $acc\n";
}
$out->close();
