环状RNA成环验证实验哪里能做？
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发布时间：2024-05-02 00:48
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时间：2024-08-17 14:34
随着对circRNA研究的越来越多，已知的circRNA数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circRNA相关的数据库列表，希望能帮到您：
1.circBase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息：人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circRNA信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circRNA数据。
2.circRNABase[2] , 该数据库通过整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月 。网址：http://starbase.sysu.e.cn/mirCircRNA.php
3.Circ2Traits[3] ，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系，构建了相互作用网络, 并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析；此外，将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上，并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月 。网址：http://gyanxet-beta.com/circdb/
4.circNet[4]，利用464个RNA-seq测序数据，进行新circRNA预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circRNA表达情况，构建circRNA-miRNA-genet*网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月 。网址：http://circnet.mbc.nctu.e.tw/
5.deepBase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月 网址：http://deepbase.sysu.e.cn/
6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：http://circinteractome.nia.nih.gov/
你也可以上肽度时界（timedoo）查看circRNA（环状RNA）学术解读资料。
吉赛生物环状RNA体外制备优化升级,加速基础科研及临床开发!
circRNA序列设计平台circRNA生产制备平台circRNA纯化平台核心原料酶生产平台不论是科研级别的目标序列一站式服务，还是工业级别的大规模体外制备CRO服务，他们均提供高效制备（环化效率80%以上），严谨的质控，以及快速3周交付的承诺。个性化定制服务和全面的生产制备服务，从咨询订购到验证交付，全程透明。他们的...
circBase 数据库:专注研究环状RNA
点击position genome browser link，用户可以查看详细序列信息，如DNA正负链、剪切长度等，并能下载序列。对于多个circRNA的研究，list search功能允许用户一次性输入多个RNA，选择合适的长度和样品支持，便于后续实验验证。在table browser模块，用户可以根据各种条件灵活筛选，而blat功能则支持序列对比，探究物种间...
...Dis丨郑州大学附属第一医院贺靖/贺付成/罗阳团队解析环状RNA在...
为了验证circ_0042881在乳腺癌细胞中的功能，研究团队构建了敲低和过表达模型，通过细胞实验和转录组分析证实了circ_0042881在乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭中发挥关键作用。此外，他们还发现EIF4A3可以促进circ_0042881的反向剪接过程，加速乳腺癌的恶性进展。在体内外实验的基础上，研究团队进一步评估了circ_004...
哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源?
通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circRNA信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circRNA数据。2.circRNABase[2] , 该数据库通过整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网...
如何做环状RNA的功能验证
做环状RNA的功能验证方法如下：（文章转载，仅供参考）circRNA定量验证 circRNA定量验证手段与常规PCR手段不同，常规手段是围绕目的片段的上下游分别设计PCR引物，称之为convergent primer，需扩增的片段位于上下游引物之间（如图1.1）。而对于circRNA，尤其外显子环化circRNA，除backsplice junction位点处不同于...
【circRNA】circRNA的后期验证
验证策略是对基因组DNA、总RNA以及CircRNA（DNA free、rRNA free、linearRNA free）同时进行杂交验证。=== 过表达验证circRNA === CircRNA的成环机制有很多，其中基于CircRNA侧翼的反向互补序列（Alu序列）是目前公认的一种成环机制（如下图）。因此我们可以通过PCR扩增目标区域（包含CircRNA侧翼的Alu元...
基因编辑环状RNA |源井
需要先找到circRNA的成环元件,成环元件一般位于被环化外显子两端的长侧翼内含子中。找到成环元件后,在两端设计gRNA进行敲除,既不破坏编码基因的外显子,又可以实现circRNA的敲除(图4.) 应用案例: circ-HIPK3是人体细胞内含量丰富的一种环状RNA,它可以与多种miRNA结合,作为细胞生长的调节剂,影响肿瘤的形成。为了...
Mol Cancer | 环状RNA编码多肽通过mTOR降解抑制HCC
在Molecular Cancer杂志上，芬兰图库尔大学医学院的研究人员Nafis A. Rahman等人发表了一篇关键论文，揭示了环状RNA（circRNA）ZKSCAN1编码的多肽circZKSaa通过影响mTOR信号通路，抑制肝细胞癌（HCC）的生长。研究发现，尽管circZKSCAN1的microRNA海绵功能较弱，但circZKSaa通过增强mTOR的泛素化，抑制了蛋白...
CircRNA免疫共沉淀实验的流程介绍?
土豆酶处理：使用土豆酶处理溶液，将环状RNA解除线性化。这样可以避免在后续的分析中引入circRNA的序列偏差。纯化：将琼脂糖磁珠与结合的免疫复合物进行洗涤，去除非特异性结合的蛋白。RNA提取：使用适当的方法从琼脂糖磁珠上纯化circRNA。分析：提取的circRNA可进行进一步的实验分析，如逆转录-聚合酶链式反应RT...
环状RNA实验求助 RNase R
越来越多的环状RNA（circRNA）不断报道发现：1，起始模版需满足以下要求（3free），常规手段是围绕目的片段的上下游分别设计PCR引物.1），PCR扩增含侧翼Alu序列的目标DNA序列；2，可以增强backsplicejunction位点处扩增效率。验证策略，针对backsplicejunction位点前后序列设计siRNA.对内含子环化circRNA，...
