今年国自然全靠它!单细胞一站式分析网站,懂得都懂!用就完了!

发布网友发布时间：2024-05-09 06:12

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热心网友时间：2024-06-07 08:23

大家好，让我们聚焦于最新的科研突破！在Nucleic Acids Research（NAR）的最新动态中，一款名为CeDR Atlas的单细胞药物应答图谱数据库引起了广泛关注。这个数据库，凭借其强大的功能，已经成为了今年国自然研究的热门之选。接下来，让我们深入了解这款数据库的魅力，看看它是如何在药物反应领域引领潮流的。

在临床实践中，个体间的遗传差异往往导致药物疗效大相径庭，特别是肿瘤这种高度异质的疾病。CeDR Atlas正是为了应对这一挑战而生，它以单细胞测序技术为基础，提供了一个在细胞层面研究药物反应机制的工具。这款数据库由国家基因组科学数据中心（NGDC）团队精心打造，于2021年发布在NAR上。

数据库概览

CeDR Atlas整合了来自Connectivity Map、Single Cell Portal、uman Cell Landscape和Mouse Cell Atlas等多个权威数据源的信息，包括人类、小鼠和细胞系的药物反应数据，以及不同组织、疾病和生理状态下的scRNA-seq数据。它涵盖了超过582种样本，提供了188,157个与人类、42,660个小鼠和10,299个细胞系相关的药物反应数据，为细胞药物反应谱的研究提供了宝贵的参考。通过输入关键词，研究人员可以深入探索药物的细胞特异性反应，包括药物联合治疗、耐药性研究和副作用识别等。

数据库的核心功能包括Browse和Search模块。在Browse模块，用户可以根据物种、组织和表型进行筛选，如选择人类脑组织的胶质细胞瘤。Search模块则支持多维度检索，如细胞类型、药物、疾病和组织，帮助研究人员快速找到所需信息。

数据库操作演示

以GSE84465数据集为例，用户可以在Browse模块筛选出胶质细胞瘤中神经元对药物的反应。网络图展示了药物与细胞类型的关联，热图和表格则提供了药物相关基因的表达分析和功能解读。在Search模块，输入“人类正常组织肠内分泌细胞药物反应”，则会呈现相关数据集的详细信息，包括GSEA分析结果和药物干预浓度数据。

CeDR Atlas是一个不断发展和更新的平台，尽管目前暂无引用案例，但它已经在科研界崭露头角，值得我们密切关注。使用CeDR Atlas时，别忘了引用以下关键文献以支持你的研究：

Wang YY, Kang H, Xu T, Hao L, Bao Y, Jia P. CeDR Atlas: a knowledgebase of cellular drug response. Nucleic Acids Res. 2021 Oct 11:gkab897. doi: 10.1093/nar/gkab897. Epub ahead of print. PMID: 34634794.

最后，如果你是一名临床医生或科研人员，CeDR Atlas无疑是提升药物反应理解力的有力工具，不容错过。让我们一起探索单细胞药物应答的无尽可能，让CeDR Atlas引领你的科研之路！