蛋白-多肽Docking——ADCP使用教程

发布网友发布时间：2024-05-03 03:06

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热心网友时间：2024-05-11 17:06

深入解析：ADCP蛋白-多肽对接教程

ADCP是AuckDock家族中的璀璨明珠，它巧妙融合了蛋白质折叠的精妙与刚性受体计算的力量。2020年的评估数据证实，它在蛋白与多肽的对接领域独占鳌头，特别对短肽链的精准匹配。本文将带您领略如何利用ADFR suite这一卓越工具，一步步构建并优化PDBQT文件，以实现高效对接。

首先，从头开始，我们需要准备PDBQT文件。这包括从原始结构中移除结晶水，通过质子化处理确保电荷平衡，以及为接下来的对接操作生成目标文件。这些文件将定义对接的参数，包括受体（receptor）和配体（ligand）的身份，以及通过AGFR（AutoGridFR）生成的亲和力地图，这对于定位不确定性口袋至关重要。

若对口袋位置存疑，AGFR的图形界面将成为你的得力助手，帮助预测潜在的结合区域。在ADFR suite 1.0 rc1和Pymol的配合下，我们点击"receptor"选项，选择受体文件，随之而来的将是清晰的蛋白结构展示。设置AutoSite为1.1版本（虽然耗时较长，但效果卓越），启动"compute pockets [AutoSite 1.1]"，选择"fill"选项以聚集高亲和力点，最终，AutoSite得分最高的点将成为首选目标。

接下来，定义对接区域，覆盖选定的"fill"区域，并添加适当的搜索空间。在"affinity maps"部分，我们处理所有原子类型，生成至关重要的trg文件，其中包含系统的详细信息。这个文件将驱动多肽Docking的实际执行，adcp在此过程中进行构象搜索，推荐进行100次独立的随机搜索以提高结果的多样性和可靠性。

ADCP的Docking过程可能会耗费一定时间，但官方建议的耐心等待是值得的。当搜索结束，你将看到包含得分排名、轨迹文件和详尽输出的Docking结果。最后，深入解读这些结果，将为你揭示蛋白-多肽之间的精密互动。

在探索蛋白-多肽结合的灵活性时，不要忘记参考Weng和Ravindranath在2015年发表的"Exploring protein-ligand docking flexibility: A study."，这篇研究论文将为你提供更深入的理论支持和实践指导。[Link已移除，详情请访问官方教程](https://ccsb.scripps.e/adcp/tutorial-redocking/)

通过ADCP的精心操作，你将解锁蛋白与多肽之间无与伦比的结合潜力，进一步推动生物学和药物研发的前沿研究。