BWA和Bowtie2默认参数比对结果
发布网友
发布时间：2024-03-17 04:43
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热心网友
时间：2024-03-17 07:04
一直认为 bwa 和 bowtie2 比对差异比较大，比对一组数据时均使用默认参数如下
BWA
Bowtie2
看下bowtie2的比对结果
比对率为15.2%~52.4%，除去未比对上的reads，single mapped reads最多。
看下bwa的比对结果
选几个未mapped的reads查看
# V300032513L2C001R0020005307
这条read使用bowtie2比对，只有paired-end一条read比对上，而bwa两条均能比对上，另一条比对为 41T4T53 ，还有很多类似情况就不一一举例了
如果直接使用默认参数的话，两个的差距还是挺大的
