详解进化树
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发布时间：2024-04-15 23:32
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时间：2024-11-08 01:28
深入探索系统发育树的构建奥秘，它以直观的树状图揭示了生物单元间的进化历程。系统发育分析分为有根树和无根树两种形态：有根树有明确的根节点，用于推测分化的时间点，而无根树则仅展示物种间的拓扑关系。在现代生物学研究中，SNP标记扮演了关键角色，它们通过简化测序和全基因组重测序，简化了构建过程。
构建步骤如下：
首先，利用TASSEL将VCF数据转换为Phylip格式，然后通过MEGA7进一步转化为MEGA兼容的文件。打开MEGA，导入你的mega文件，选择进化树的构建方法，如邻接法(NJ)或最大似然法(ML)。设置参数，如Bootstrap重复次数、进化模型和处理缺失数据的方式，如图1-5所示。
一旦设置完毕，点击"compute"按钮，如图6所示。在MEGA中，你会看到构建出的进化树，建议以nwk格式保存，包括枝长和Bootstrap值。为了更生动地展示，nwk格式的树最适合在iTOL中展示，它的操作简便，界面美观。
以下是iTOL操作指南：
上传进化树：无论是粘贴还是选择文件，都将它上传到iTOL中，如步骤1所示。
着色定制：根据研究需求，配置颜色模板，参照图8进行设置。
调整细节：熟悉控制面板中的【Basic】、【Advanced】和【Export】选项，如步骤3所述。
指定树根和统一颜色：根据树的结构，进行相应的着色和树根设置，图9和10提供了指导。
保存并输出：完成编辑后，选择合适的输出格式，确保树图与标尺紧密配合，如图11和12所示。
当你完成这些步骤后，进化树的构建便告一段落，更多高级效果的实现则参考iTOL的帮助文档。在研究中，Nature biotechnology(2015)和Nature Genetics(2016)的论文提供了宝贵的理论依据，如大豆驯化和改良的相关基因研究，你可以参考百迈克生物的相关资源。
