android db.05.JE.dbg如何使用
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发布时间：2022-05-03 00:05
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懂视网
时间：2022-05-03 04:26
使用DBG2OLC软件利用二代和三代数据混合的基因组组装：
使用DBG2OLC找Contigs序列和Pacbio reads的Overlap并进行Layout
DBG2OLC通过比较contigs和Pacbio reads之间的overlap，将contigs序列定位到Pacbio reads上，将DBG的contigs结果运用到OLC算法中。
主要参数： LD 是否载入compressed reads information。第一次运行DBG2OLC命令的时候，该参数的值必须是0；若为了得到更好的结果，则需要调整其它参数；调整这些参数的时候，设置该参数为1来跳过这个步骤，从而节约很多时间。 k 设置k-mer大小。k-mer用来比较contig和pacbio read之间的重叠，而不是用于基因组组装，推荐设置为 17 即可。 KmerCovTh 若contig和pacbio read之间匹配k-mers的覆盖度 < KmerCovTh，则认为contig和pacbio read没有重叠。推荐设置为2-10。
MinOverlap
两条Pacbio read之间匹配的k-mers数目 < MinOverlap，则认为它们之间没有重叠。推荐设置为10-150。
AdaptiveTh 若contig和pacbio read之间匹配的k-mers数目 < AdaptiveTh * contig长度，则认为contig和pacbio read没有重叠。推荐设置为0.001-0.02。
RemoveChimera 去除嵌合体Pacbio reads。若Pacbio数据覆盖度大于10x，推荐设置该参数为 1 。
参考来源：
http://www.chenlianfu.com/?p=2436
使用DBG2OLC对二、三代数据进行基因组混装
标签：pac rem info 很多 结果 参考 mat read 混合
热心网友
时间：2022-05-03 01:34
